Конец весны – начало лета 1914 года. Война еще не началась, но витает европейском воздухе. Рассказчик и главный герой Ричард Хэнней возвращается в свою новую лондонскую квартиру после длительного пребывания в Родезии, чтобы начать новую жизнь. Однажды ночью на улице его хватает за петлицу пальто незнакомец, скорее всего американец, и говорит, что опасается за свою жизнь. Человек, оказывается знает о некоем анархическом заговоре, который должен дестабилизировать Европу. Первым шагом – убийство премьер-министра Греции Константина Кародлиса, во время его визита в Лондон. Человек называет свое имя – Фрэнклин П.Скаддер. Он свободный шпион. Скаддер сообщает, что он сымитировал свою смерть, чтобы избежать подозрений. Скаддер сообщает, что за ним следить германская шпионская организация «Черный Камень», которая собирается выкрасть британские военные планы. Хэнней отводит Скаддера в свою квартиру. Через четыре дня Хэнней вернувшись домой обнаруживает Скаддера с кинжалом в сердце.
Он считает, что убийцы придут за ним, но не обращается в полицию, так как он подозреваемый. Не из корыстных побуждений избежать тюрьмы, а спасти Европу и предотвратить политической убийство, он решает бежать в Шотландию (откуда он сам родом), а потом выйти на связь с официальными властями. Чтобы покинуть квартиру незамеченным, он подкупает молочника, одевает его униформу и выходит на улицу незамеченным, хотя немецкие шпионы ведут за его домом наблюдение. Забрав блокнот Скаддера, он садится на поезд, которые отправляется от станции Панкрас. Он решает отправиться в Гэллоуэй на юго-западе Шотландии, чтобы там обосноваться.
Прибыв в Гэллоуэй, он снимает комнату в доме пастуха. На следующее утро из газет Хэнней узнает, что полиция ищет его Шотландии. Он уезжает из города, сев на поезд, но за ним пускаются в погоню и он спрыгивает с поезда между станциями и незаметно останавливается в гостинице. Хозяину Хэнней рассказывает свою историю, изменив ее и ему дают приют. Находясь в гостинице он просматривает записную книжку Скаддера. На следующее утро двое мужчин появляются в гостинице в поисках главного героя, но хозяин отправляет их обратно. Когда они возвращаются, Хэнней кардет их машину и бежит. По дороге он размышляет над содержанием записей Скаддера. Все что там написано существенно отличается от рассказанного Скаддером и упомянутый им «Черный Камень» и загадочная фраза «тридцать девять ступеней». Великобритания находится под угрозой вторжения Германии и ее союзников. Тем временем, его преследует аэроплан, а местный полицейский пытается остановить машину. Стараясь избежать столкновения с встреченной машиной, Хэнней разбивает собственный автомобиль, и водитель решает отвести его домой. Водителем является сэр Гарри, местный землевладелец и будущий полицейский, хотя политически он очень наивен. Когда он узнает, о том, что Хеннэй был в Родезии, то приглашает его посетить вечером собрание электората. Речь Хэннея воодушевляет сэра Гарри и рассказчик чувствует, что тому можно рассказать правду. Сэр Гарри пишет письмо Хеннэе в министерство иностранных дел.
Хеннэй покидает сэра Гарри и пытается спрятаться в деревне, но за ним снова летит аэроплан. Вскоре он встречает группу людей, которые ищут его. Также он встречает дорожного рабочего, с которым меняется одеждой, и отправляет его домой. Преследователи его не замечают. Вскоре на дороге он наталкивается на машину, в которой едет один лондонский «лизоблюд», которого Хэнней знает. Он заставляет его поменяться одеждой и берет его автомобиль.
На следующий день ему удается оторваться от своих преследователей и он останавливается в доме, в котором живет пожилой человек. К сожалению, он оказывается врагом, который запирает Хэннея в чулан. В чулане же полно средств для изготовления бомбы, которые он использует для своего освобождения, при этом ранив себя. На следующий день, Хеннэю помогает знакомый ему дорожный рабочий, у которого он и останавливается, чтобы восстановиться после взрыва. Он обедает в пабе города Моффат прежде чем идти в сторону Биттока, чтобы там сесть на поезд в Англию, и прибыв туда встреться с родственником сэра Гарри (сотрудником министерства иностранных дел), сэром Уолтером Балливентом в его доме в Беркшире. Во время их беседе сэру Уолтеру по телефону сообщают, что Каролидес убит.
Сэр Уолтер, перебравшись вместе с Хэннеем в свой лондонский дом, посвящает того в некоторые военные тайны; затем отпускает его. Хэнней не может избавиться от ощущения, что он вовлечен в очень важные события. Он возвращается с дом сэра Уолтера, где проходит встреча на высшем уровне. Когда один из участников, по видимости морской министр, покидает мероприятие, Хэнней узнает в нем одного из своего преследователей. Он предупреждает сэра Уолтера и других, что это человек самозванец. Они понимают, что шпион вернется в Европу с информацией, которую он узнал на этой встрече. В этот момент Хэнней понимает, что фраза «тридцать девять ступеней» может относиться к месту высадки в Англии, откуда шпион собирается отплыть. Ночью, Хэнней и военные пытаются разобраться в странной фразе.
Используя метод Шерлока Холмса и с помощью береговой охраны, они прибывают в прибрежный город Кент. Наш герой и его друзья находят проход в скалах, который насчитывает тридцать девять ступеней. На некотором расстоянии они видят яхту. Изображая из себя рыбаков, часть группы посещает «Ариадну», и узнают, что один членов команды – немец. На берегу несколько людей играют в теннис у виллы и оказываются англичанами, но они подходят под описание заговорщиков, которое оставил Скаддер. Хэнней один сталкивается с ними на вилле. После борьбы, двое из них сдаются, а третий бежит на яхту, которую окружили британские власти. Заговор сорван и Великобритания вступает в Первую мировую войну, сохранив свои военные тайны. Когда начинается война, Хэнней присоединяется к армии Китченера и становится капитаном.