Конец весны — начало лета 1914 года. Война еще не началась, но витает в европейском воздухе. Рассказчик и главный герой Ричард Хэнней возвращается в свою новую лондонскую квартиру после длительного пребывания в Родезии, чтобы начать новую жизнь.
Однажды ночью на улице его хватает за петлицу пальто незнакомец, похожий на американца, и говорит, что опасается за свою жизнь. Человек знает о некоем анархическом заговоре, который должен дестабилизировать Европу. Первый шаг заговорщиков — убийство премьер-министра Греции Константина Кародлиса во время его визита в Лондон.
Человек называет свое имя — Фрэнклин П.Скаддер. Он свободный шпион. Скаддер сообщает, что он сымитировал свою смерть, чтобы избежать подозрений. За ним следит германская шпионская организация «Чёрный Камень», которая собирается выкрасть британские военные планы. Хэнней отводит Скаддера в свою квартиру. Через четыре дня Хэнней обнаруживает Скаддера с кинжалом в сердце.
Хэнней считает, что убийцы придут за ним, но не обращается в полицию, так как считается подозреваемым. Чтобы спасти Европу и предотвратить политической убийство он решает бежать в Шотландию (откуда сам родом), а потом выйти на связь с официальными властями. Хэнней подкупает молочника, одевает его униформу и выходит на улицу незамеченным, хотя немецкие шпионы ведут за его домом наблюдение. Забрав блокнот Скаддера, он садится на поезд, которые отправляется от станции Панкрас. Хэнней решает обосноваться в Гэллоуэе, на юго-западе Шотландии.
Прибыв в Гэллоуэй, он снимает комнату в доме пастуха. На следующее утро из газет Хэнней узнаёт, что полиция ищет его в Шотландии. Он уезжает из города, но за ним пускаются в погоню. Он спрыгивает с поезда между станциями и останавливается в гостинице. Хозяину Хэнней рассказывает выдуманную историю, и ему дают приют.
Находясь в гостинице, Хэнней просматривает записную книжку Скаддера. На следующее утро двое мужчин появляются в гостинице в поисках главного героя, но хозяин отправляет их обратно. Когда они возвращаются, Хэнней крадёт их машину и бежит.
По дороге он размышляет над содержанием записей Скаддера. Всё, что там написано, существенно отличается от рассказанного Скаддером — и упомянутый им «Черный Камень», и загадочная фраза «тридцать девять ступеней». Великобритания находится под угрозой вторжения Германии и ёе союзников.
Тем временем Хэннея преследует аэроплан, а местный полицейский пытается остановить машину. Стараясь избежать столкновения со встречной машиной, Хэнней разбивает собственный автомобиль, и водитель решает отвести его домой.
Водителем является сэр Гарри, местный землевладелец и будущий полицейский, хотя политически он очень наивен. Когда он узнаёт, что Хэннэй был в Родезии, то приглашает его посетить вечером собрание электората. Речь Хэннея воодушевляет сэра Гарри, и рассказчик чувствует, что тому можно рассказать правду. Сэр Гарри пишет письмо о Хэннее в министерство иностранных дел.
Хеннэй покидает сэра Гарри и пытается спрятаться в деревне, но за ним снова летит аэроплан. Вскоре он встречает группу людей, которые ищут его. Также Хэнней встречает дорожного рабочего, с которым меняется одеждой. Преследователи его не замечают. Вскоре на дороге он наталкивается на машину, в которой едет один лондонский «лизоблюд», которого Хэнней знает. Он заставляет его поменяться одеждой и берёт его автомобиль.
На следующий день Хэннею удаётся оторваться от своих преследователей, и он останавливается в доме, где живёт пожилой человек. К сожалению, он оказывается врагом, который запирает Хэннея в чулан, полный средств для изготовления бомбы. Хэнней использует их для своего освобождения, при этом ранив себя.
На следующий день Хеннэю помогает знакомый ему дорожный рабочий, у которого он и останавливается, чтобы восстановиться после взрыва. Он обедает в пабе города Моффат, затем идёт в сторону Биттока, чтобы там сесть на поезд в Англию. Прибыв туда, Хэнней встречается с родственником сэра Гарри, сотрудником министерства иностранных дел, сэром Уолтером Балливентом в его доме в Беркшире. Во время их беседе сэру Уолтеру по телефону сообщают, что Каролидес убит.
Перебравшись вместе с Хэннеем в свой лондонский дом, сэр Уолтер посвящает его в некоторые военные тайны, а затем отпускает. Хэнней не может избавиться от ощущения, что он вовлечён в очень важные события. Он возвращается в дом сэра Уолтера, где проходит встреча на высшем уровне. Когда один из участников покидает мероприятие, Хэнней узнаёт в нём одного из своего преследователей.
Хэнней предупреждает сэра Уолтера и других, что это человек — самозванец. Они понимают, что шпион вернётся в Европу с информацией, которую он узнал на этой встрече. В этот момент Хэнней понимает, что фраза «тридцать девять ступеней» может относиться к месту высадки в Англии, откуда шпион собирается отплыть. Ночью, Хэнней и военные пытаются разобраться в странной фразе.
Используя метод Шерлока Холмса и помощь береговой охраны, они прибывают в прибрежный город Кент. Наш герой и его друзья находят проход в скалах, который насчитывает тридцать девять ступеней. На некотором расстоянии они видят яхту «Ариадна». Изображая из себя рыбаков, часть группы посещает «Ариадну» и узнаёт, что один из членов команды — немец.
Люди, играющие в теннис на берегу, подходят под описание заговорщиков, которое оставил Скаддер. Хэнней один сталкивается с ними на вилле. После борьбы, двое из них сдаются, а третий бежит на яхту, которую окружили британские власти. Заговор сорван, и Великобритания вступает в Первую мировую войну, сохранив свои военные тайны.
Когда начинается война, Хэнней присоединяется к армии Китченера и становится капитаном.