Повествование ведётся от первого лица
Достигший совершеннолетия молодой человек путешествует по фамильным местам своего рода в Новой Англии. Во время своего путешествия узнаёт о городе Иннсмаут - бывший морской порт, ныне пришедший в упадок. В округе ходят зловещие слухи о самом городе и о Рифе Дьявола, расположенного возле Иннсмаута.
Юный путешественник заинтригован, он решает отправиться в Иннсмаут, предварительно расспросив жителей близлежащего городка о таинственном городе и его населении. Но почти ничего не выясняет, кроме того, что жители других населённых пунктов относятся к иннсмаутцам с изрядной долей отвращения, и стараются их избегать. Уроженцев города Иннсмаут также объединяет внешний вид, не добавляющий им привлекательности – жители этого города, как будто-бы поражены неизвестной болезнью. В округе это называют «иннсмаутской внешностью».
Посещая музей, молодой человек обращает внимание на артефакт из Иннсмаута - тиару необыкновенной красоты с выгравированными непонятными существами, представляющее что-то среднее вроде помеси рыбы с жабой. От смотрительницы музея - мисс Тилтон, молодой человек узнаёт о том, что в городе действует культовая группа "Тайный орден Дагона", которая подчинила все ортодоксальные церкви в городе.
Прибыв в город, рассказчик знакомиться с бакалейщиком, который находится в Иннсмауте по долгу службы одной торговой фирмы, но не является уроженцем этого города. От него путешественник узнаёт о том, что дважды в год служители «Тайного ордена Дагона» совершают жертвоприношения.
Рассказчик встречается с старым пьяницей Зейдоком Алленом, являющимся коренным жителем города. Любопытный путешественник угощает его выпивкой, после которой старик рассказывает историю о капитане Обеде Марше.
Капитан, якобы установил торговые отношения с жителями одного из полинезийских островов, у которых всегда водилось и золото, и рыба в избытке. Обед Марш выкупал золото за гроши, но это прекратилось после того, как жители острова были уничтожены племенами соседних островов. Через некоторое время капитан узнаёт секрет истреблённого племени: они заключили сделку с Глубоководными, и в обмен на возможность спариваться и жертвоприношения получали рыбу и золото. Дети людей и этих существ превращались в Глубоководных, и уходили в море. Капитан Марш заключает сделку с этими существами, и для поклонения им основывает «Тайный орден Дагона». С тех пор Иннсмаут не испытывает недостатка в рыбе.
Вдруг пьяница прерывает свой рассказ, и крича о том, что они были замечены бросается прочь. Путешественник отправляется на городскую площадь, рассчитывая уехать вечером, но водитель сообщает ему о поломке.
Молодой человек вынужден провести ночь в иннсмаутской гостинице. Он подпирает двери, и ложится спать. Ночью он просыпается от того, что кто-кто пытается открыть дверь. Странные существа пытаются проникнуть в комнату. Путешественник покидает гостиницу, выпрыгнув из окна.
Выбежав за пределы города, рассказчик обнаруживает за собой погоню и чувствует резкий рыбный запах. Спрятавшись, он видит, что его преследуют те непонятные существа, которых он видел в музее изображёнными на тиаре. От нервного напряжения он теряет сознание. Придя в себя, он не обнаруживает никаких следов вчерашних происшествий, и продолжает держать путь в город.
Вернувшись к себе, он пытается забыть весь тот ужас, который ему довелось пережить, ища забвение в учёбе.
По окончанию университета он отправляется к своим родственникам, семью недавно умершей бабки по материнской линии. Дед показывает ему семейные ценности из банковского хранилища. Он показывает своему молодому родственнику артефакты с изображением Глубоководных, а на портрете бабушки видны явные признаки «иннсмаутской внешности».
Молодой человек понимает, что он является далёким родственником Обеда Марша, и что среди его предков были Глубоководные. Через некоторое время он начинает меняться: на его лице проявлялись следы «иннсмаутской внешности», он стал видеть сны о подводном мире, который всё сильнее начал увлекать его. Он понимает, что скоро он станет одним из Глубоководных.
Он разрабатывает план для побега своего кузена, находящегося в психиатрической лечебнице, для того, чтобы они могли вместе отправиться навстречу морским глубинам.