Повествование ведётся от первого лица.
Достигший совершеннолетия молодой человек путешествует по фамильным местам своего рода в Новой Англии. Во время своего путешествия он узнаёт о городе Иннсмауте - бывшем морском порте, ныне пришедшем в упадок. В округе ходят зловещие слухи о самом городе и о Рифе Дьявола, расположенном возле Иннсмаута.
Юный путешественник заинтригован и решает отправиться в Иннсмаут. Предварительно он расспрашивает в близлежащем селении о таинственном городе и его жителях, но почти ничего не выясняет, кроме того, что окрестные жители относятся к иннсмаутцам с изрядной долей отвращения и стараются их избегать. Уроженцев Иннсмаута также объединяет внешний вид, не добавляющий им привлекательности – жители этого города словно поражены неизвестной болезнью. В округе это называют «иннсмаутской внешностью».
Посещая музей, молодой человек обращает внимание на артефакт из Иннсмаута - тиару необыкновенной красоты с выгравированными непонятными существами, чем-то вроде помеси рыбы с жабой. От смотрительницы музея, мисс Тилтон, молодой человек узнаёт, что в городе существует секта "Тайный орден Дагона", которой подчинены все ортодоксальные церкви в городе.
Прибыв в город, рассказчик знакомиться с бакалейщиком, который находится в Иннсмауте по долгу службы и не является уроженцем этого города. От него путешественник узнаёт, что дважды в год служители «Тайного ордена Дагона» совершают жертвоприношения.
Рассказчик встречается с старым пьяницей Зейдоком Алленом, являющимся коренным жителем города. Любопытный путешественник угощает его выпивкой, после которой старик рассказывает историю о капитане Обеде Марше.
Когда-то капитан установил торговые отношения с жителями одного из полинезийских островов, у которых всегда в избытке водилось и золото, и рыба. Обед Марш выкупал золото за гроши, но это прекратилось, когда жителей острова уничтожили племена соседних островов. Через некоторое время капитан узнал секрет истреблённого племени: они заключили сделку с Глубоководными. Аборигены приносили морским существам жертвы и рожали от них детей, а в замен получали рыбу и золото. Дети людей и этих существ превращались в Глубоководных, и уходили в море. Капитан Марш заключил сделку с этими существами и для поклонения им основал «Тайный орден Дагона». С тех пор Иннсмаут не испытывает недостатка в рыбе.
Вдруг пьяница прерывает свой рассказ, и крича, что их заметили, бросается прочь. Путешественник отправляется на городскую площадь, рассчитывая уехать вечером, но водитель сообщает ему о поломке. Молодой человек вынужден провести ночь в иннсмаутской гостинице. Он крепко запирает двери и ложится спать. Ночью он просыпается от того, что кто-кто пытается открыть дверь. Странные существа пытаются проникнуть в комнату. Путешественник покидает гостиницу, выпрыгнув из окна.
Выбежав за пределы города, рассказчик обнаруживает за собой погоню и чувствует резкий рыбный запах. Спрятавшись, он видит, что его преследуют те непонятные существа, которых он видел в музее изображёнными на тиаре. От нервного напряжения он теряет сознание. Придя в себя, он не обнаруживает никаких следов вчерашних происшествий и продолжает путь. Вернувшись к себе, он пытается забыть весь тот ужас, который ему довелось пережить, ища забвение в учёбе.
По окончанию университета он отправляется к своим родственникам, семье недавно умершей бабки по материнской линии. Дед показывает ему семейные ценности из банковского хранилища - артефакты с изображением Глубоководных и портрет бабушки с явными признаками «иннсмаутской внешности».
Молодой человек понимает, что он является далёким родственником Обеда Марша, и что среди его предков были Глубоководные. Через некоторое время он начинает меняться: на его лице проявляются следы «иннсмаутской внешности», он видит сны о подводном мире, который всё сильнее привлекает его. Он понимает, что скоро станет одним из Глубоководных.
Он разрабатывает план побега для своего кузена, находящегося в психиатрической лечебнице, чтобы вместе с ним отправиться навстречу морским глубинам.