Повествование ведётся от имени рассказчика.
Этой ночью рассказчик собирается уйти в небытие. Состояние сильного душевного напряжения гнетёт его, а снадобье помогающее бороться с ним на исходе.
К такому решению его приводит вот что: он является служащим на пакетботе, а само судно подвергается нападению немецкого рейдера. С пленными враги обращаются обходительно, но охраняют не очень тщательно, благодаря этому рассказчику на шестой день удаётся бежать на маленькой лодке, имея на борту внушительный запас воды и пищи.
В течении многих дней беглец дрейфует по волнам, отдаваясь на волю случая и счастливое провидение.
Изменения происходят во время беспокойного сна. Проснувшись рассказчик обнаруживает, что его наполовину засосало в слизистую гладь отвратительной черной трясины, простиравшаяся на много миль вокруг.Лодка лежит на поверхности этой трясины неподалёку. Всё почва этого болота усеяна гниющими останками костей рыб.
На третий день почва достаточно просохла, и по ней можно было спокойно передвигаться. Человек отправляется на поиски моря. Для этого он забирается на холм. По другую сторону холма находится ущелье, повествователь спускается в него и находит огромный монолит с таинственными изображениями.
И тут он видит его! Появившийся из водной пучины Дагон обхватывает монолит. После этого герой впадает в состояние полунебытия он с трудом припоминает свой подъём и возвращение к лодке. В себя рассказчик приходит в госпитале Сан-Франциско.
Пытаясь забыть облик Дагона мужчина обращается к морфию, но за временную передышку становиться рабом наркотика. Не в силах больше выносить воспоминания об острове и Дагоне, и зависимый от морфия рассказчик выпрыгивает в окно.