Роман рассказывает историю Джуда Фоули, проживающего в южноанглийской деревне и стремящегося стать учеником в Кристминстере, городе, моделирующимся в Оксфорде. В юности Джуд изучал в свободное время латынь и греческий языки, работая в пекарне у своей тетки, в надежде поступить в университет. Но пока его соблазняеи Арабелла Донн достаточно грубая и поверхностная девушка, которая одновременно шантажирует его совей беременностью, пытаясь выйти за него замуж. Барк не удается, и они расстаются по обоюдному согласию; Арабелла эмигрирует в Австралию, где выходит замуж. Джуд, тем временем забрасывает учебу.
После того как Арабелла уезжает, он отправляется в Кристминстер, где подрабатывает каменотесом, возобновив учебе в надежде позже поступить в университет. Там он знакомится и влюбляется со своей независимой кузиной Сью Брайдхед. Вскоре Джуд знакомит ее со своим бывшим учителем мистером Филлостоном, за которого Сью выходит замуж. Несмотря на это, она не холодна к своему мужу, так как влюблена в Джуда. Скоро она бросает Филлостона и уходит к Джуду. Из-за скандала Филлостон прекращает карьеру учителя.
Сью и Джуд проводят некоторое время, проживая вместе без сексуального контакта, потому что Сью не любит секс и институт брака. Вскоре появляется Арабелла, что затрудняет брак. Но Арабелла и Джуд разводятся, и она теперь легально выходит замуж за своего бигамного супруга; Сью тоже подает на развод. Арабелл сообщает, что у нее есть ребенок от Джуда, которого она родила через восемь месяцев после их расставания, и отправляет его к отцу. Его также зовут Джуд, а сам он замкнутый и неразговорчивый.
Джуд тем не менее уговаривает Сью спасть с ним и через два года у них уже двое детей. Наниматели Джуда отнимают у него работу из-за незаконных отношений, и семья начинает вести кочевой образ жизни, передвигаясь и города в город, ища работу и кров, и наконец, возвращаются в Кристминстер. Джуд-мл., который приехал к ним, считает, что именно он причина всех их бед. На утро после прибытия в Кристминстер, он убивает двоих детей Сью, а затем вешается. Он оставляет записку, в которой значится: «Потому что нас слишком много». Вскоре у Сью происходит выкидыш.
После смерти Джуда-мл. и ее двух детей, Сью становится набожной, посещает церковь и приходит к выводу, что Бог наказал ее за взаимоотношения с Джудом. Опасаясь нового брака с Филлостоном, она все же решает остаться с ним по религиозным соображениям. Арабелла узнает об этом и сообщает об этом Филлостону, который предлагает ей снова вступить в брак. Джуд опустошен и снова вступает в брак с Арабеллой, когда он его напоила.
После недолгой встречи с Сью зимним морозным днем, Джуд серьезно заболевает и в течение года умирает. Сообщается, что Сью остепенилась и стала уравновешенной с Филлостоном. Арабелла же и не скорбит по Джуду, а расставляет ловушку для очередного подходящего ей мужчины.