Повесть основана на биографии автора. Действие происходит в начале XX века, до Октябрьской Социалистической революции. Повествование ведётся от лица девятилетнего мальчика Юры.
Юра был совсем маленьким, когда его мама вышла замуж за врача Алексея Михайловича и поселилась «в крошечном уездном городке Чернь, Тульской губернии», больше похожем на деревню. У Алексея Михайловича это был второй брак. Сын от первого брака, Серёжа, жил с ним, а дочь Наташа — с матерью в Москве.
С раннего детства Юра звал отчима Михалычем. Этот толстый, весёлый человек был «первым другом и наставником» мальчиков. Он научил их рыбачить, охотиться и пробудил в детях любовь к природе. Благодаря Михалычу Юра стал натуралистом-исследователем.
Главной в семье была Юрина мама Надежда. Она часто ругала мужа за детские проделки, Михалыч делал вид, что боится её, и называл жену «грозным домашним начальством». На самом деле Надежда была маленькой, полной и добродушной женщиной. Она лечила пациентов Михалыча разговорами, вела хозяйство вместе с помощницей — строгой тёткой Дарьей, и ухаживала за животными, которых Юра притаскивал домой.
Михалыч был замечательным врачом. Только повзрослев, Юра понял, какие сложные операции проводил отчим в маленькой провинциальной больнице. К Михалычу привозили больных со всего уезда, и он лечил от всех болезней, но больше всего любил хирургию.
Окрестные помещики постоянно приглашали его в свои имения, но Михалыч не любил заниматься частной практикой — «разъезжать по знатным барынькам» и лечить насморк. Этим занимался фельдшер и получал хороший доход, тогда как семья доктора жила в съёмном доме. Из-за этого мама часто сердилась на Михалыча, но заставить его «ездить по барынькам» не могла — всю жизнь он неуклонно следовал любимой поговорке «всех денег не соберёшь».
Часто по вечерам Михалыч читал мальчикам вслух русских классиков, особенно он любил поэзию. Под влиянием этих чтений Юра решил написать стихи — чем он хуже Некрасова или Пушкина. Со стихами у Юры дело не клеилось, он решил перейти на прозу и написал рассказ об охоте на дикого, кровожадного барсука, который заканчивался кровавой сценой.
Рассказ очень рассмешил Михалыча. Юра понял, что перепутал барсука с барсом, сжёг рассказ в печке и поклялся больше не писать ни стихов, ни прозы.
Михалыч был большим любителем попутешествовать и часто мечтал уехать в какую-нибудь глушь, где будет хорошая охота и рыбалка. Мама не давала ему сделать это, и Юра оставался в Черни, где семья переезжала с квартиры на квартиру. Детство мальчика прошло в небольшом одноэтажном домике со старым, заглохшим садиком. Там Юра играл «в охоту» и наблюдал за приходом весны. Сводному брату Серёже было не до игр — он ходил в школу страшной бабки Лизихи. Это же осенью ожидало и Юру.
Елизавета Александровна Соколова была супругой самого богатого купца в Черни. Её муж Иван Андреевич, благообразный и набожный старичок, жертвовал деньги только на церковь. Его жена, толстая, неряшливая и на редкость уродливая старуха, «больше всего напоминала огромную, разжиревшую и человекообразную обезьяну». В отличие от полуграмотного Ивана Андреевича, она окончила Смольный институт и свободно говорила на нескольких языках. Таких разных супругов объединяла «ненасытная страсть к деньгам и трогательная любовь друг к другу».
Чтобы Елизавета Александровна не скучала, Соколов разрешил ей устроить в их доме небольшую начальную школу. В Черни не было ни гимназии, ни реального училища, и родители с радостью отдавали своих детей в эту школу, где бабка Лизиха, как прозвали её ученики, нещадно избивала своих подопечных толстой деревянной линейкой.
Родной брат Соколова, Василий Андреевич, давно забросил торговлю и «жил на доходы со своего капитала». Осенью и зимой он пропадал на охоте, а всё остальное время сидел у окна и раскладывал пасьянс. Юра часто заходил к нему с Михалычем, с наслаждением слушал рассказы об охоте и считал его самым счастливым человеком на свете.
Завидовал Юра и сыну Василия Андреевича, Коке, стройному юноше в форме студента-лицеиста, который приезжал в Чернь на каникулы. Он курил папиросы, считался лучшим кавалером в городке, охотился вместе с отцом и казался Юре верхом совершенства. Только повзрослев, Юра понял, что эти люди жили скучно и бессмысленно, а Кока был лодырем и недоучкой.
Михалыч был человеком увлекающимся. Он загорался какой-нибудь идеей, тратил на неё деньги из своего небольшого дохода, а потом остывал и увлекался чем-нибудь другим. Мама очень злилась, что Михалыч тратит деньги впустую.
Однажды он выписал из Москвы верстак с набором инструментов, но столярное ремесло Михалычу не далось — он не смог сделать даже полку. Из остатков досок Михалыч с трудом смастерил расправилки для бабочек. Так покупка верстака привела к идее собрать коллекцию насекомых. Начало коллекции было положено в середине апреля, когда появились первые бабочки.
По вечерам Михалыч готовился к охоте на вальдшнепов — набивал патроны и чистил ружьё. Однажды, после первой грозы, Мыхалыч взял Юру на охоту. Умелым охотником он не был, но в тот вечер ему удалось подстрелить одного вальдшнепа.
Вскоре у Юры появилась соседка — хорошенькая девочка Катя, которая приехала в Чернь к своему дяде. Дети подружились и играли «в папу и маму», пока из Москвы не вернулся Серёжа. Увидев более взрослого мальчика, Катя переключилась на него. Во время игры в салки Серёжа запретил открывать окно, чтобы брат не простыл. Юра услышал это и почувствовал себя «каким-то маленьким, ненужным и смешным». На этом и кончилась дружба Юры с первой в его жизни девочкой.
Катю увезли из Черни, Юра помирился с братом и успокоился. Серёжа был старше Юры на два года, и вскоре к их дружбе начало примешиваться «чувство зависти и грустного признания его превосходства». Серёжа вовсю командовал братом и подчёркивал своё старшинство. Он часто рассказывал Юре об ужасах школы кровожадной бабки Лизихи, и мальчик долго не мог уснуть. В мая Серёжа сдал переходные экзамены в гимназию города Серпухова и уехал на всё лето к своей маме. Юра скучал недолго — «наступало лето… самая хлопотливая пора».
Михалыч и Юра увлеклись новым делом — устроили в уголке сада огород «по последнему слову науки». Вскопать грядки им удалось только с помощью тётки Дарьи, которая была уверена, что на огороде ничего не вырастит, «окромя крапивы и лопухов». Зелень на огороде всё же выросла, но её было мало, и Дарья по-прежнему покупала овощи на рынке. Выросшие к осени огурцы оказались ужасно горькими, а потом огород погиб — его объела корова.
Летом приехала Наташа, ставшая взрослой и красивой девушкой. После обеда она вместе с Юрой отправилась навещать Коку Соколова, которого выгнали из лицея за неуспеваемость. Встретившись, они отправились в городской сад, где хитростью отделались от Юры — притворились, что собираются ловить летучих мышей, и отправили мальчика за белой простынёй, на которую мыши должны были слететься.
Когда Юра вернулся в сад с простынёй, молодых людей там уже не было. Он понял, что снова оказался лишним из-за своего юного возраста.
Наташа всё время проводила с подругами и Кокой. Погостила она недолго, и вскоре вернулась к своей маме.
В доме Юры постоянно появлялись разные животные. Однажды мама купила на базаре зайчонка. Зверёк оказался очень пугливым и прятался даже от толстого и ленивого кота Иваныча. Как раз в это время прибившаяся к дому кошка Мурка потеряла котят. Увидев зайчонка, Мурка приняла его за котёнка и усыновила. Зверёк быстро к ней привык, а кошку удивляло, почему её «сынок» не хочет играть с мышами, которых она ему приносила.
Вскоре к этой компании присоединился галчонок, выпавший из гнезда. У птенца оказался отличный аппетит, и Юра целыми днями собирал для него гусениц и червяков. Галчонок прожил у Юры всё лето, превратился во взрослую галку и осенью улетел на юг.
Однажды Мыхалыч пришёл с работы расстроенный и рассказал, что младшая дочь нищего и многодетного чиновника Иванова заболела воспалением лёгких. Ни кормить, ни лечить девочку Татьянку было не на что.
Мама решила попросить денег на лечение девочки у Соколовых, но жадный Иван Андреевич дал только рубль. Остальные деньги Надежда собрало по подписке у тех, кто победнее. Татьянка поправилась, но этот случай вызвал у Юры «печальные, тревожные» и недетские мысли о бедности, неравенстве и несправедливости.
Мальчик начал внимательней присматриваться к тому, что его окружало. Однажды в их двор зашла нищенка с маленьким сыном. Это были погорельцы, которым никто не хотел помочь отстроиться и обзавестись хозяйством. Надежда накормила их, отдала старую одежду, а Юра подарил нищему ребёнку свою любимую игрушку — плюшевого мишку, первого и последнего «в его бродячем, безрадостном детстве». Этот случай тоже оставил след в памяти Юры — он никак не мог понять, почему никто не хочет помогать этим бедным людям.
Однажды Михалычу пришлось лечить необычного пациента — ручного говорящего скворца со сломанной лапкой. Ветеринар отказался лечить птицу, и хозяин скворца, бедный старый портной Пётр Иванович, принёс его Михалычу.
Через неделю Юра вместе с отчимом отправился проведать скворушку и познакомился с Петром Ивановичем. Его маленький домик оказался полон птиц в клетках, да и сам портной был похож на большую старенькую птицу.
Большой жестокости в том, чтобы держать вольных птиц в клетках, Пётр Иванович не видел — он их кормил, выпускал полетать, и многие питомцы сами к нему возвращались. Юра подружился со стариком, тот подарил ему ручного щегла и взял с собой на ловлю птиц. С тех пор мальчик часто забегал к Петру Ивановичу и помогал ему ухаживать за птицами.
Михалыч не любил откладывать деньги «на чёрный день». Однажды он выиграл в лотерею крупную сумму. Половину мама припрятала, а на остальные деньги Михалыч купил мотоциклет. Он долго изучал его строение, пытался научиться на нём ездить, но строптивый мотоциклет так ему и не подчинился, и Михалыч продал «эту дурацкую машину» за бесценок.
Осенью Юра с родителями ездил в близлежащую деревню за грибами. Однажды хозяин дома, где они оставляли лошадь, попросил у Михалыча помощи — его жена не могла родить. Ребёнок родился здоровым, а доктор получил в награду расшитое полотенце и каравай ароматного хлеба. После этого случая Юра решил стать доктором.
Однажды Михалычу пришлось отправиться за сорок вёрст, чтобы вылечить от запора дочь старухи-помещицы. В благодарность хозяйка всучила доктору попугая-какаду, причём за клетку Михалыч заплатил.
Попугай Попка оказался ужасной птицей, он дико кричал по утрам и опустошил три яблони в саду, выедая из яблок зёрна и бросая испорченные плоды. Наконец, Надежда не выдержала и отправила Попку назад. Помещица приняла его без особой радости, и деньги за клетку не вернула.
В августе вернулся загорелый и повзрослевший Серёжа. Он показал Юре, что умеет курить, но мальчик не счёл это очень уж заманчивым — какой же он взрослый, если тайком таскает папиросы у отца. Лучше вырасти и курить, никого не стесняясь.
Вскоре в доме Юры появилась собака — Михалыч купил легавого пса Джека для охоты на птиц. Джек оказался очень воспитанным псом, он охотно играл с мальчиками, не трогал живущих в доме животных, считая их «своими», и увлечённо искал дичь на охоте. Он прожил в семье Юры до глубокой старости.
В последние летние дни Михалыч устроил детям сюрприз — купил для них небольшое одноствольное ружьё. Теперь мальчики тоже ходили на охоту и стреляли по очереди. Юра быстро научился стрелять и даже однажды подстрелил вальдшнепа. Из убитой Серёжей галки Михалыч попытался сделать чучело, но оно вышло таким страшным, что его засунули подальше на шкаф.
Первого сентября Юра пошёл в школу и близко познакомился с педагогическими методами бабки Лизихи. Елизавета Александровна ничего не объясняла ученикам, обучение основывалось на обычной зубрёжке. Заучивать предметы бабка Лизиха заставляла в полный голос, поэтому в классе всегда было очень шумно.
Юра уже умел читать — с ним занималась мама, но бабка Лизиха считала себя великим мастером обучения и не любила, когда к ней приходили умеющие читать дети. Именно поэтому она постоянно придиралась к сыну учительницы, подготовленному лучше всех в классе. Кроме него, Лизиха невзлюбила Васю Комарова, сына прачки, который учился у неё бесплатно, бедового Кольку, как-то подсыпавшего соли ей в чай, и своего дальнего родственника Бориса, сына владельца городской булочной.
Провинившихся бабка Лизиха лупила линейкой по спине, ставила возле себя «столбом» и заставляла зубрить. Был у неё и любимчик — Митенька, сероглазый, похожий на ангелочка мальчик, врун, ябеда и подлиза. Митенька бесстыдно пользовался шпаргалками, но Лизиха не хотела этого замечать.
Уроки продолжались с девяти до двух, а в пять дети снова возвращались в школу — учить уроки дома бабка Лизиха не разрешала. Юре в классе было очень страшно, но родители не воспринимали его и Серёжины рассказы всерьёз. Михалыч только посмеивался, а мама считала бабку Лизиху святой. Отдохнуть мальчику удавалось только в воскресение, когда купец Соколов, не терпевший гула детских голосов, оставался дома.
Однажды Лизиха попросила Митеньку помочь Васе по математике, но тот не смог объяснить и сунул однокласснику шпаргалку. Вася показал шпаргалку Лизихе и был бит за то, что «оболгал Митеньку». Вскоре в Митеньку бросили камнем и рассекли бровь, а потом спрятали его ботинок в рукав его же пальто. Лизиха выдрала Васю и Кольку, но так и не узнала, кто это сделал.
По воскресеньям Юра по прежнему навещал Петра Ивановича, помогал ему чинить снаряжение для ловли зимних птиц и собирать в лесу ягоды рябины и калины для приманки. Однажды Михалыч решил сам заняться ловлей птиц. Сначала они с Юрой, не без помощи столяра, соорудили большой вольер, поклявшись маме, что убирать его они будут сами.
Как только выпал первый снег, Юра с Петром Иванычем отправились на ловлю и мальчик принёс домой первых обитателей вольеры — парочку снегирей. Потом Юра и Михалыч устроили охоту на птиц в своём саду. Вскоре вольера была полна, но убирала её, конечно же, Надежда.
В школе тем временем произошла «скверная история» — кто-то украл у Лизихи кошелёк. Перед этим Вася просил у одноклассников денег для больной матери, а потом кошелёк нашёлся в кармане его пальто. Лизиха не поверила в Васину невиновность, жестоко избила его и выгнала из школы, хотя Митенька и пытался за него заступиться.
После этого ребята начали относиться к Митеньке лучше, только Колька и Борис упрямо не хотели видеть в нём ничего хорошего и считали, что он просто хотел покрасоваться. После изгнания Васи «козлом отпущения» для Лизихи стал Борис, доставалось ему почти каждый день.
Зимой по пятницам в Черни открывался базар. Елизавета Александровна уходила помогать мужу, оставляя вместо себя молоденькую родственницу. В эти дни ребята валяли дурака, ведь наказание у Лизихи зависело не «от наличия вины», а от суммы выручки.
Однажды в пылу веселья ребята не заметили, что Лизиха вернулась, Борис врезался в неё на полном ходу, и Елизавета Александровна послала радостного Митеньку за сторожем с вожжами — Борьку пороть. Друзья Борис и Колька решили отомстить Митеньке.
На диктанте дети отгораживались друг от друга книгами. Колька заметил, что Митенька списывает диктант с книги, которой от него отгородился, и обратил на это внимание Лизихи. Митенька поклялся, что он взял эту книгу случайно и вовсе не списывал. Немного растерянная Лизиха поверила ему.
Перед Рождественскими праздниками Лизиха решила учить детей танцам. Теперь Юре пришлось приходить в школу и по воскресеньям. Елизавета Александровна взялась лично учить вальсировать толстяка Бориса. Глядя на эту странную пару, Юра вспоминал танец медведя с поросёнком, виденный им в цирке. К счастью, Соколов не одобрил танцев в своём доме, и воскресенья снова освободились.
После разоблачения Митенька начал делать в диктантах множество ошибок, за что его поддразнивал Колька. Однажды во время трудной контрольной Колька вышел в сени «освежиться» и увидел, как Митенька подкладывает в карман его шубки часы бабки Лизихи. Тут Колька догадался, что и кошелёк Васе тоже он подкинул.
Митенька признался во всём, и потрясённая Елизавета Александровна выгнала его из школы. Затем она послала за Васиной матерью, при всём классе попросила у неё прощения и предложила снова учить Васю бесплатно. Женщина извинения приняла, но возвращать сына в школу отказалась и конфет для Васи от Лизихи не взяла.
Наступили долгожданные каникулы. Серёжа уехал к матери в Москву, а Юра с Надеждой доставали коробки с ёлочными украшениями.
На Рождество родители подарили Юре фотоаппарат со всеми принадлежностями для изготовления фотокарточек, а Пётр Иванович — ручную белку в клетке. На следующий день Михалыч с Юрой попытались сфотографировать Дарью. Женщина собиралась послать снимок родным в деревню и страшно рассердилась, узнав, что фотография не получилась.
Юра был так занят, что навестил Петра Иванович только в конце каникул и обнаружил, что старик болен. Придя к старому портному неделю спустя, мальчик обнаружил, что тот выпустил всех птиц, оставил только ручного скворца.
Михалыч попытался уговорить старика лечь к нему в больницу, но тот отказался. С каждым днём Пётр Иванович всё больше худел — видимо, в его горле росла опухоль, из-за которой он не мог есть. Старик уже не работал и целыми днями лежал в выстуженной избе. Надежда начала каждый день носить ему еду, а потом Дарья взяла отпуск, чтобы скрасить последние дни одинокого старика.
Юра навещал его каждое воскресенье. Старик бодрился, мечтал, как вместе с мальчиком весной будет ловить перепелов, и угасал. Он попросил мальчика после его смерти взять ручного скворца себе.
Хоронили Петра Ивановича в «по-весеннему тёплый и солнечный» день. Юра шёл за гробом вместе с родителями и тёткой Дарьей и думал, что наступила весна, а ему больше не с кем ловить птиц. Мальчик впервые близко увидел смерть и не мог поверить, что Петра Ивановича больше нет, а мама, Михалыч и он сам тоже когда-нибудь умрут.
В десятую весну своей жизни Юра сильно повзрослел, «как будто вышел из своей уютной детской комнаты и побрёл на поиски новых встреч, новых радостей, разочарований и надежд». Мальчик навсегда простился с детством.