В рекруты Федос Чижик попал из-за каприза старухи-помещицы, а во флот был взят из-за своего малого роста. За годы его долгой службы Чижика и били, и нахваливали, но уважали и любили за честность, добрый характер и скромность. Последние три года Федос служил под начальством капитана Василия Михайловича Лузгина. При Лузгине матросам жилось хорошо, не было порок и муштры. Федос рассчитывал закончить службу и вернуться в родную деревню, то тут ему оторвало два пальца, и Лузгин взял Федоса к себе вторым денщиком.
На барыню, жену капитана, денщик производит неблагоприятное впечатление, но она поручает ему смотреть за сыном, наказывая водку не пить и при ребёнке не ругаться. Маленький Шурка сразу привязывается к Чижику. Чижик рассказывает ему сказки, чинит поломанные игрушки. Шурка доверяет ему свою тайну: как мама высекла его за разбитую чашку.
Хоть барыня и считает, что Шурка огрубел, но признаёт, что Чижик выполняет свои обязанности добросовестно. Её возмущает, что Чижик не угождает ей, как другая прислуга. Чижик тоже недолюбливает барыню, возмущается тем, что она утесняет и шпыняет горничную Анютку, и подбадривает девушку, как может. Денщик и повар Иван приходится Чижику не по вкусу. При Анютке, в которую Иван влюблён, матрос отчитывает того за то, что он ошпарил собаку, и защищает девушку от его приставаний. Иван при каждом удобном случае жалуется барыне на Чижика, и та становится все суровее и придирчивее к матросу.
Однажды Лузгины всей семьей уезжают, а Федос, пользуясь отсутствием хозяев, отпрашивается навестить своего знакомого боцмана. По возвращению домой барыня обвиняет Чижика, что он пришёл пьяный и водит шашни с Анюткой. Несмотря на протесты и слёзы Шурки, она пишет записку адъютанту с требованием высечь Чижика и отправляет его обратно в экипаж. За непослушание она сечёт сына.
Мичман экипажной канцелярии удивляется, что Лузгина приказывает высечь Чижика за пьянство и грубость. Чтобы не идти против воли жены капитана, он приказывает высечь его легко.
Шурка ждёт своего друга и переживает, не больно ли его высекли. Лузгина срывает свою злость на Анютке и допрашивает её про отношения с Чижиком. Анютка признаётся, что Чижик только защищал её от Ивана. Барыня вызывает вернувшегося Чижика, наказывает так больше себя не вести и вернуться к своим обязанностям. Чижик внушает Шурке, что всё равно мать нужно почитать и уважать.
Через несколько месяцев Шурка заболевает, и Чижик дежурит возле больного днём и ночью. Вернувшийся из плавания Лузгин узнаёт, что Чижик выходил его сына.
Через три года отменяют крепостное право, и выходит Чижику отставка.
Шурка, закончив Морской корпус, становится офицером и берёт Чижика к себе. До самой смерти Чижик живёт в его семье, нянчит Шуркиных детей.
Память о Чижике свято хранится в семье Александра Васильевича, и он всегда говорит, что лучшим воспитателем для него был Чижик.