Павел Иванович Симов, болевший туберкулёзом учитель школы при совхозе «Заря», пригласил своего приятеля, молодого рабочего совхоза Зиновия Лукьянова, которого называл «Зиночкой», прийти в воскресенье на обед, полакомится простоквашей. Но приготовить простоквашу не удалось — молоко не скисло. Не скисало оно и у соседей. Учитель попросил Зиночку помочь ему закопать мерина, который сдох на кануне, но, к их удивлению, его тело тоже не гнило.
На обратном пути они встретились с сыроваром и узнали от него, что не только молоко, но и пиво, и вино отказывались скисать. На уксусном заводе приостановилась работа: из пивного уксусного затора не получалась уксусная кислота.
Вечером учитель Симов отправился в клуб узнать новости. Низкий голос громкоговорителя вещал об изумительных вещах: продукты, которые могли скисать, больше не скисали, мясо перестало гнить, а инфекционные эпидемии, которые свирепствовали в разных уголках земного шара, неожиданно прекратились.
Выяснилось, что в мире погибли все бактерии. Это произошло как в воздухе, так и на земле, под землёй, в воде, и даже там, где воздуха не было. Среди разных гипотез учёные предполагали, что до Земли из космоса достигли какие-нибудь ультракороткие лучи, вроде лучей Милликена, которые и поразили все бактерии.
Симов вылечил туберкулёз. Осенью вместе с Зиновием он ходил на охоту и наблюдал, как меняется мир. Листья больше не гнили, реки были полны мёртвой рыбы, которая не разлагалась, а поля и леса были завалены нетленными трупами животных. Заразные болезни исчезли, что вызвало резкий рост населения Земли. Источники пищи быстро истощались.
На мир надвигалась голодная смерть. Вместо заразных болезней появились новые, неизвестные раньше заболевания. Люди, даже хорошо питавшиеся, чахли и худели. Врачи полагали, что это происходило из-за отсутствия в организме людей бактерий, которые выполняли очень важную и полезную роль.
Пруды и реки всё больше мелели. Рыбам и лягушкам тоже чего-то не хватало и они постепенно вымирали. И вот, когда весь мир дошёл почти до полного отчаяния, неведомо откуда была получена радиотелеграмма от человека по имени Тридон, в ней он заявил что решил уничтожить мир и истребил все бактерии с помощью изобретённого им аппарата, излучающего электроволны короткой длины. Теперь он передумал и решил продать людям бактерии, сохранённые в особых колбах. За бесценные бактерии Тридон требовал много золота.
В качестве доказательства своих слов, учёный выпустил немного микробов в Берлине. Бактериологи обнаружили живые уксусные бактерии в вине, пиве и других жидкостях. Уксусный затор довольно быстро превратился в уксус. Но все эти процессы приостановились ровно в двенадцать часов ночи. Неуловимые электроволны Тридона снова убили все бактерии.
Посовещавшись, люди решили согласиться на требования Тридона, а потом его задержать и обезвредить. Но злой гений заявил, что если он выпустит всех бактерий, тут же начнут разлагаться тела, которые накопились за всё это время, и это вызовет катастрофу. Люди ограничились тем, что отвозили падаль дальше от жилья или сжигали, а из мест, где падали было слишком много, просто уходили целыми семьями.
Наконец, настал тот день, когда учёный выпустил всех бактерий, причём как вредных, так и полезных. Неутомимые работники-бактерии принялись за свою обычную работу, начались процессы гниения и брожения. Это вызвало сильное зловония во всех уголках мира, которое прошло, когда биологических отходов стало меньше.
Прошло ещё несколько недель, и на месте гор падали лежали уже горы, правда значительно меньших размеров, великолепного азотистого удобрения. Это удобрение развозилось по полям. Наступили годы небывалых урожаев. На перегное выросли новые густые леса и высокие сочные травы. Животные и люди пополнели и окрепли.
Хорошо упитанный Симов уже не кашлял. Встретив своего приятеля Лукьянова, Симов сказал: «Приходи, Зиночка, ко мне завтра к обеду, будем простоквашу есть. Молочнокислые бактерии потрудились на славу и приготовили отличную простоквашу».