Роман начинается с рассказа о бродяге-алкоголике, отдыхающем в покинутом и забытом доме смотрителя шлюзов, что находится на канале. Когда он размышляет над несправедливостью, которая ударила по его жизни, на него внезапно нападает стая огромных, размеров с собаку, крыс и жадно съедает его живьём.
Гаррис, молодой учитель из Лондона, замечает, что рука одного из его студентов обмотана окровавленным бинтом. Студент сообщает, что на него напала крыса. Тем временем маленькая девочка и её собака убиты гигантскими крысами. Мама девочки успевает унести изуродованные тело дочки. Гаррис отводит студента в госпиталь и видит там убитую горем мать с телом ребёнка. По словам доктора, нападения крыс на людей участились.
Следующее нападение крыс происходит у развалин одного из домов, где была убита компания алкоголиков. На работу к Гаррису приходит министр здравоохранения мистер Фоскинс, который сообщает, что укушенный студент и все выжившие после нападения крыс умерли спустя двадцать четыре часа от неизвестного заболевания. Он просит Гарриса держать это в тайне и отводит истребителя насекомых Ферриса к тому месту, где был укушен студент. Они и Гаррис идут к каналу, который описал студент, и видят гигантских крыс. Гаррис пытается связаться с полицией, в то время как Феррис следует за крысами, которые нападают на него и убивают.
Нападения крыс учащаются с ужасающей быстротой. Грызуны нападают, в основном, в публичных местах. Происходит нападение на станцию лондонского метро, в результате которого почти все гибнут. Затем крысы атакуют школу Гарриса, результат — гибель директора школы.
Новость об эпидемии крыс становится достоянием общественности. Созывается встреча, на которой учёный Стивенг Говардс предлагает использовать этот вирус для уничтожения крыс. Сначала его испытывают на щенках, которых оставляют в районе нападений. В результате гибнут тысячи крыс. Несколько недель спустя крысы приспосабливаются к вирусу, но их укусы уже не ядовиты.
Крысы нападают на кинотеатр и лондонский зоопарк. Основываясь на том факте, что крысы общаются друг с другом по средством ультразвука, принимается решение использовать сверхзвуковые машины, чтобы загнать крыс в газовые камеры.
Фоскинс уходит с поста министра здравоохранения. Раньше он занимался этой проблемой и пришёл к заключению, что крыс незаконно вывез из одного тропического государства зоолог, живущий рядом с каналом. Следуя инструкциям Фоскинса, Гаррис находит ветхий дом учёного и заходит в него. Он спускается в подвал и находит там полуобъеденный труп Фоскинса. Рядом — огромных размеров крысы. В ожесточённом бою Гаррис убивает их и видит предводителя крыс: белого, толстого грызуна без шерсти, с двумя головами. Гаррис убивает существо и уходит.
В эпилоге сообщается, что одна крыса всё же выжила после зачистки местности, спрятавшись в подвале бакалейного магазина. Там она рожает новую белую крысу.