Роман представляет собой чередование двух сюжетных линий по главам: нечётные — история Кафки Тамуры, рассказанная от первого лица, чётные — история Сатору Накаты. По ходу повествования становится ясно, что обе линии взаимосвязаны. Первой и сорок седьмой главам предшествуют части «Парень по прозвищу Ворона».
Парень по прозвищу Ворона[ред.]
Кафка Тамура говорит с воображаемым другом, Вороной, своим аlter ego. Когда Тамуре исполнится 15 лет, он собирается уйти из дома. Он станет самым крутым парнем среди пятнадцатилетних.
Главы 1-20[ред.]
Из дома отца Кафка (имя мальчик выбрал себе сам) забирает деньги, кое-какие вещи, фото с сестрой. Мальчику было 4 года, когда мать, забрав приёмную дочь, ушла от них с отцом. В свой дня рождения он едет на остров Сикоку в город Такамацу. По дороге на Сикоку Тамура знакомится с девушкой Сакурой.
Первую неделю в Такамацу мальчик посещает тренажерный зал и частную «Мемориальную библиотеку Комура», где собраны редкие издания. Здесь Кафка знакомится с сотрудником учреждения, красивым длинноволосым юношей Осимой. На Тамуру производит сильное впечатление директор библиотеки Саэки-сан — худенькая женщина 45-ти лет, стройная. «Тонкое, интеллигентное лицо. Красивые глаза». «Женщина меня просто поразила — от неё веяло каким-то теплом. Вот бы мне такую мать!»
На восьмой день Тамура просыпается в темноте в каких-то зарослях. На его майке липкая кровь. Мальчик ничего не помнит. Опасаясь, что совершил преступление, Кафка решает не возвращаться в отель. Он звонит Сакуре, рассказывает о ситуации и остаётся ночевать у неё. Тамура думает, что девушка может оказаться его сестрой.
В беседе с Кафкой Осима узнаёт, что мальчику негде ночевать. Он предлагает Кафке стать помощником в библиотеке.
Вечером юноша отвозит Тамуру в Коти (префектура на о. Сикоку), в домик, похожий на хижину. Они слушают ре-мажорную сонату Шуберта, Осима восхищается её несовершенством. Юноша рассказывает, что он болен гемофилией.
В домике в чаще Кафка отдыхает, читает книги, ходит в лес.
Через три дня Осима забирает Тамуру обратно. По дороге он рассказывает историю Саэки-сан. В юности она была хорошей пианисткой, написала песню «Кафка на пляже», которая в те времена стала хитом. У неё был возлюбленный, старший сын Комуры (семья, содержащая библиотеку), но в 20 лет он трагически погиб. После этого Саэки-сан бросила музыку, изолировалась от мира, а потом исчезла. Через 25 лет она вернулась и стала заведовать библиотекой.
Тамура селится в комнате библиотеки. Там висит необычная картина — мальчик на фоне моря.
Кафка случайно узнаёт, что Осима - биологически женщина, но чувствует себя стопроцентным мужчиной, тем более, что некоторые особенности женского организма у него отсутствуют.
В нескольких первых главах представлен доклад службы военной разведки Сухопутных Сил США о происшествии 1944 года у горы Рисовая Чашка в префектуре Яманаси: записи разговоров военных с очевидцами. Классная руководительница рассказала, как во время похода за грибами все дети её класса одновременно упали в обморок на два часа. Перед этим над ними пролетел самолёт «Б-29». Испуганная учительница убежала за помощью в школу.
Врач рассказывает о результатах осмотра: все дети пришли в себя, кроме одного мальчика — Сатору Накаты. У других детей все функции были в норме, об обмороке они не помнили.
Вызванный в Яманаси профессор психиатрии выдвинул версию — гипноз: именно поэтому дети потеряли сознание. Наката через две недели после происшествия пришёл в себя. Он был как чистый лист бумаги: ничего не помнил из того, что знал до этого момента.
В 1973 г. в письме профессору классная руководительница Накаты пишет, что в день происшествия мальчик нашёл её окровавленное полотенце (у неё внезапно началась менструация) и принёс учительнице, за что та дико разозлилась, ей было стыдно. Она накричала на Сатору, отхлестав мальчика по щекам. Потом обнимала и извинялась.
Наката был эвакуирован из Токио. Он был симпатичным, самым умным ребёнком в классе. Женщина раскаивалась.
История Сатору продолжается уже в настоящем времени. Старичок Наката разыскивает кошку Кунжутку и расспрашивает о ней разных котов (он понимает кошачий язык). В этих беседах выясняется, что Наката — слабоумный, читать и писать не умеет, получает пособие, живёт один. Говорит чудно́, от третьего лица. Один из котов, Оцука-сан, замечает, что тень старичка бледновата. Оцука-сан когда-то видел человека с такой же тенью.
В поисках помогает сиамка Мими: Кунжутка была на пустыре пару дней назад. Но там часто появляется страшный тип в чудно́й шляпе, ловит кошек и прячет в мешок. Он очень опасен.
На пустыре к Накате подходит пёс и отводит старика в незнакомый дом. Там Наката знакомится с человеком в черном цилиндре — Джонни Уокером (так мужчина представился).
Джонни Уокер похищает кошек и отрезает им головы. Из душ кошек он делает необычные флейты. Уокер поставил Накате условие: либо старик его убивает, либо Джонни на его глазах расчленяет его знакомых кошек. Не выдержав кровавого зрелища, Наката убивает кошкодава. Мими и Кунжутку ему удаётся спасти. После этого старичок теряет сознание.
Наката приходит в себя в траве. К его удивлению, на одежде не осталось ни одного пятнышка крови. Он возвращает Кунжутку хозяевам, получает вознаграждение. Наката идёт на полицейский пост и признаётся в убийстве Джонни Уокера. Полицейский думает, что старик сумасшедший, и не задерживает его. Перед уходом Наката предсказывает, что завтра будет дождь из рыбы. Так и случилось. К тому же обнаружили труп мужчины. Но Накаты уже нет в городе.
Автостопом Наката добирается до Фудзикавы (посёлок в префектуре Яманаси). Там старик видит, как одного парня избивает компания молодчиков. Наката раскрывает зонтик, и с неба начинают падать пиявки. Хулиганы оставляют жертву в покое.
Старичок находит молодого шофёра Хосино, согласившегося подвести его до Кобэ.
Главы 21-46[ред.]
Кафка из газеты узнаёт об убийстве своего отца, Коити Тамуры, знаменитого скульптора. Именно в тот день Кафка очнулся в зарослях, запачканный кровью. Мальчик думает о пророчестве отца: «Когда-нибудь этой самой рукой ты убьёшь своего отца и будешь жить со своей матерью». Осима проводит параллель с «Эдипом» Софокла, говорит, что весь мир — метафора, однако Кафка не мог убить отца, находясь в другом месте. Но Тамура не уверен в этом.
По ночам в комнате Кафки появляется призрак пятнадцатилетней девочки Саэки-сан. Парень влюбляется в неё. Он рассказывает Осиме о ночном видении. Тот советует почитать «Повести о Гэндзи»: там описан случай, когда живой человек становится призраком, сам того не подозревая (история о Даме с Шестой линии, ревновавшей Гэндзи к его жене Аои).
Тамура получает от Осимы пластинку «Кафки на пляже» 1969 года. Песня берёт за душу. Кафка находит символический смысл в стихах, где упоминается камень от входа.
Тамуру ищет полиция, ведь мальчик - единственный сын убитого скульптора.
Как-то ночью в его комнате появляется реальная Саэки-сан, спящая с открытыми глазами. В бессознательном состоянии она соблазняет Тамуру.
После несчастного случая с Накатой все будто перестали замечать некогда способного мальчика. Родители полностью переключились на младших, Накату отправили в Нагано к бабушке с дедушкой. Там он научился разговаривать с кошками. С 15 лет работал на мебельной фабрике — у него были золотые руки. После смерти хозяина мастерская закрылась. Заработанные за всю жизнь деньги пустил по ветру двоюродный брат Накаты. Тогда родной брат устроил его в Токио на пособие.
Хосино, который привёз Накату в Кобэ, берёт отгул на работе и едет со стариком на остров Сикоку. Вместе они продолжают путешествие и ищут, по словам старика, камень от входа. В перерывах между поисками Наката надолго засыпает — больше, чем на сутки.
Пока старик спит, Хосино на улице останавливает человек, внешне похожий на полковника Сандерса с рекламы кур, предлагает ему снять девочку и обещает рассказать о камне.
Проституткой, обслуживающей Хосино, оказывается девушка с красивой фигурой, подрабатывающая студентка философского факультета. После их «свидания» Сандерс отводит парня в храм и отдаёт ему камень. Полковник заявляет, что он не человек, а абстракция, принимающая любую форму.
Тамура рассказывает Саэки-сан о своей теории: мальчик думает, что она — его мать, а проклятие отца действует: он любит и хочет Саэки-сан. Вечером женщина приходит к Тамуре и они идут к месту на берегу моря, где художник рисовал мальчика с картины — «Кафку на пляже». С этой ночи женщина уже сознательно вступает в интимную связь с Тамурой.
Парня подозревают в сговоре с убийцей отца и активно разыскивают. К тому же, Осима решает, что Кафке лучше сейчас не видеться с Саэки-сан: с нею рядом ходит смерть. Он снова отвозит его в Коти и предупреждает, чтобы Кафка не заходил глубоко в лес. Перед войной во время учений там пропало двое солдат, их так и не нашли.
Наката считает себя пустышкой из-за того, что случилось в войну. Тогда он уходил и вернулся, поэтому теперь должен завершить своё дело.
Во время грозы они открывают некий вход: Хосино с огромным трудом переворачивает отяжелевший камень.
Как-то, во время очередного сна Накаты, Хосино заходит в хорошую кофейню, где слышит трио «Эрцгерцог», исполняющее Бетховена. Музыка производит на него сильное впечатление, хотя раньше парень не интересовался классикой.
На отключённый мобильник Хосино звонит полковник Сандерс и сообщает, что их с Накатой ищет полиция. Пока они могут спрятаться в снятой Сандерсом квартире.
На машине, взятой в аренду, Хосино и Наката объезжают весь Такамацу. Нужным местом оказывается библиотека Комура.
На следующий день они приходят в библиотеку. Наката - тот самый человек, которого ждала Саэки-сан. В их беседе открывается, что женщина когда-то тоже имела дело с камнем от входа. Задача Накаты — вернуть всё на свои места. Он замечает, что у Саэки-сан такая же половинка от тени, как и у него.
После ухода Накаты Осима находит в кабинете мёртвую Саэки-сан.
По её просьбе Наката сжигает все её записи о своей жизни, не читая. После этого Наката вновь впадает «в спячку» и больше не просыпается: во сне он умирает. Хосино остаётся с ним: надо довести дело до конца.
Тамуре снится, что он изнасиловал Сакуру, осознавая при этом во сне, что Сакура — его сестра.
Герой вновь идёт в лес, теперь с баллончиком жёлтой краски, ножом, топориком и другими вещами. Теперь он не заблудится. Парень чувствует, что за ним наблюдают. Он жалеет, что так поступил с Сакурой, пусть это и было только во сне. Вдруг Кафка ощущает себя «полым человеком», бросает рюкзак, берёт только нож и заходит в чащу.
Пробираясь в чаще, Тамура думает о Саэки-сан как о матери. Почему она его бросила? Почему она его не любила? Но Ворона убеждает, что всё наоборот: мать любила его.
Кафка встречает в лесу пропавших когда-то молодых солдат. Они сознательно остались в лесу, так как не хотели никого убивать на войне: это жестоко и бессмысленно. Теперь они охраняют вход. Тамура решается войти.
Часовые отводят Тамуру в хижину, похожую на дом Осимы. К нему является призрак 15-летней Саэки-сан. Она готовит для Кафки.
Парень по прозвищу Ворона[ред.]
Ворона кружит над лесом и видит человека в цилиндре. Тот хвалится смертью по собственному желанию, называя себя изменчивым духом. Сейчас он находится в пограничной зоне между жизнью и смертью — limbo. Мужчина заявляет, что Ворона не в силах остановить его. Ворона рвёт в клочья плоть мужчины, но тот только смеётся. Хохот походит на звук флейты, доносящийся из другого мира.
Главы 47-49[ред.]
От говорящего кота Хосино узнаёт, что делать: ночью появится он, гад, которому нужно помешать пройти вход, его надо убить. Тогда дело Накаты будет закончено.
Ночью изо рта старика вылезает белое длинное существо. Хосино догадывается, что сначала надо закрыть вход — перевернуть камень. После этого парень рубит слизняка на куски, сжигает останки и уезжает, решив позвонить с вокзала в полицию и рассказать о местонахождении трупа Накаты.
К Тамуре приходит взрослая Саэки-сан и берёт с мальчика обещание вернуться, пока вход открыт. Она просит его простить ту, что его бросила. «Мама, — говоришь ты, — я прощаю тебя».
Брат Осимы, Сада, привозит Тамуру в Такамацу. Мальчик решает вернуться в школу и прощается с Осимой. Кафка думает над словами Саэки-сан: «Хочу, чтобы ты помнил обо мне…» Ворона говорит, что Кафка — самый крутой парень в настоящем мире. «Я уснул. И проснулся частицей нового мира».