Роман написан от лица Пола Эджкума, который живёт в доме престарелых. Чтобы не растерять остатки разума, он записывает события 1932 года, которые изменили его жизнь.
Часть 1. Две убитых девочки[ред.]
Пол служит начальником тюремной охраны в блоке смертников, который из-за зелёного линолеума называют Зелёной Милей. В прилегающем к Миле помещении находится электрический стул. В тот год к трём охранникам Мили добавляется ещё один — Перси. Этот жестокий молодой человек, родственник губернатора, мог получить любую работу, но выбрал блок смертников, и Полу приходится его терпеть.
Осенью на Милю переводят Джона Коффи, негра огромного роста и могучего телосложения, осуждённого на смертную казнь за убийство и изнасилование белых девочек-близняшек. Коффи ведёт себя очень кротко. Он боится темноты, кажется немного заторможенным и всё время плачет. В его странных глазах «выражение спокойного отсутствия», словно сам Коффи где-то далеко.
Из газет Пол узнаёт о его преступлении. Дочери владельца хлопковой фермы исчезли ночью с закрытой террасы. После долгих поисков с собаками их нашли на лесной поляне. Джон Коффи укачивал голеньких мёртвых девочек, плакал и твердил: «Я пытался вернуть всё назад, но было уже поздно». Никто не усомнился в виновности чернокожего, хотя во время поисков собаки нашли ещё один след.
Пол стремится сохранять на Миле спокойную обстановку, но с приходом Перси покой невозможен. Его ненавидят не только заключённые, но и охранники.
Начальник тюрьмы Мурс вызывает Пола и просит ещё немного потерпеть. Перси собирается перевестись в клинику для душевнобольных, но перед этим желает командовать казнью — это его условие. Пол согласен на всё.
Летом, ещё до прихода Коффи, на Миле появляется очень умная мышь. Зверёк регулярно обходит пустующие камеры, словно ищет кого-то. Перси пытается убить мышь, но она спасается в смирительной комнате для буйных, которая на Миле служит кладовкой.
Часть 2. Мышь на Миле[ред.]
Мышь приходит на Милю только в отсутствие Перси. Вскоре на Милю переводят Эдуарда Делакруа, Полу кажется, что мышь ждала именно его. Маленький лысоватый Делакруа по кличке Дел осуждён за изнасилование, убийство и поджёг. Совершив преступление, он словно выплеснул скопившееся в нём зло и превратился в скромного и тихого человечка.
Перси ненавидит Дела и постоянно над ним издевается. Успокаивается Перси только когда Пол обещает, что тот будет командовать казнью Дела.
Дел называет мышонка Мистером Джинглсом. Мышь бегает по рукам Дела и катает деревянную катушку. Дел считает, что это он выдрессировал мышь, но охранники убеждены, что Мистер Джинглс умел это и раньше.
В то время как у Пола обостряется мочеполовая инфекция, а начальник тюрьмы Мурс узнаёт, что у его жены рак мозга, на Милю переводят Буйного Билла. Этот щуплый, белобрысый девятнадцатилетний парень из разряда «проблемных детей» успел натворить много зла. Едва появившись на Миле, Билл пытается придушить охранника, и его оглушают ударом по голове.
Часть 3. Руки Джона Коффи[ред.]
В этот день Пол особенно сильно страдает от своей инфекции. Коффи, во время суматохи тихо сидевший в камере, подзывает его к себе. Правила это запрещают, но Пола словно притягивают «нездешние» глаза Коффи. Негр прижимает ладонь к паху Пола, и того пронизывает нечто вроде электрического заряда. Затем пульсирующая боль исчезает, а изо рта Коффи вылетает «облачко мелких чёрных насекомых». Они белеют и исчезают. Пол верит, что «получил исцеление, настоящее, чудесное, от Всемогущего Бога». Он расспрашивает Коффи, как он это делает, но тот отрицательно качает головой. Джон не помнит, что было с ним вчера, но умеет исцелять.
Пол не понимает, зачем Бог вложил чудесный дар в руки детоубийцы. Он едет на место преступления. Журналист, писавший об убийстве, убеждён в виновности Коффи.
Приближается день казни Дела. Перси должен положить на его макушку намоченную в рассоле губку, которая проведёт ток прямо в мозг.
Нарушив правила, Перси слишком близко подходит к камере Буйного Билла, и тот его хватает. От страха Перси мочится в штаны. Дел замечает это и смеётся.
Ночью перед казнью Дел играет с Мистером Джинглсом, кидает ему катушку. Она выкатывается из камеры. Мышонок бежит за ней, Перси наступает на него и, довольный местью, уходит.
Часть 4. Ужасная смерть Эдуарда Делакруа[ред.]
Коффи просит дать умирающую мышь ему, «пока ещё есть время». Он подносит Мистера Джинглса к лицу, резко вдыхает ртом, затем снова выпускает изо рта облако чёрных мошек, а мышонок невредимый возвращается к Делу.
Готовя Дела к казни, Перси кладёт под контакт сухую губку, и француз горит заживо. Пол не может выключить электричество, пока Делакруа жив, ведь тогда всё придётся начинать сначала. Наконец Дел затихает.
Испуганный Перси оправдывается, но Пол понимает: он хотел сотворить мелкую пакость, но не подозревал, каким будет результат. Пол велит не трогать Перси: из-за него их могут уволить, а найти работу во время Великой депрессии нелегко. Мистер Джинглс, пережидавший казнь в руках Коффи, чувствует через него мучения Дела и навсегда исчезает с Мили.
Пол докладывает о происшествии Мурсу, но тому не до неприятностей в тюрьме: его жена умирает. Пол считает, что Коффи может ей помочь, и собирает охранников Мили у себя дома.
Часть 5. Ночное путешествие[ред.]
Охранники решают тайно привезти Коффи в дом Мурса и составляют подробный план.
Сначала они нейтрализуют Буйного Билла, подсыпав ему в напиток снотворное. Затем запаковывают Перси в смирительную рубашку и запирают в мягкой комнате. Коффи уже знает, что ему предстоит вылечить белую леди.
Буйный Билл находится в бессознательном состоянии, но когда Коффи проходит мимо его камеры, он встаёт и хватает того за руку.
Друзьям удаётся незаметно вывести Коффи за тюремную ограду. К дому начальника его отвозят на стареньком грузовике. Мурс встречает их с пистолетом в руке, но Коффи спокойно проходит к его умирающей жене.
Подойдя к кровати, Коффи нагибается, прижимается ртом к губам женщины и делает глубокий вдох. Раздаётся странный крик. Коффи отстраняется, и Пол видит, что женщина здорова. На этот раз Коффи не выдыхает мошек. По дороге в тюрьму ему становится плохо.
Часть 6. Коффи проходит Милю[ред.]
Охранники с трудом доводят Коффи до камеры. Затем они отпускают Перси и пытаются его запугать. Пол, однако, уверен, что молчать Перси не станет.
Освободившись, Перси направляется к выходу с Мили. Когда он проходит мимо камеры Коффи, тот хватает его, прижимается губами к его рту и выпускает чёрных мошек. Ничего не соображая, Перси подходит к камере Буйного Билла, стреляет в него шесть раз, затем из его рта вылетают мошки. С этого дня Перси не произносит ни слова и его признают умалишённым.
Пол снова едет туда, где арестовали Коффи, разговаривает с помощником шерифа. Тот берётся ему помочь, и встречается с отцом убитых девочек. Оказалось, незадолго до трагедии тот нанял помощника — Буйного Билла, который, по мнению Пола, и убил девочек. Коффи нашёл их, хотел оживить, но не успел. Негр узнал об этом, прикоснувшись к Биллу, и использовал Перси, как оружие. Из-за цвета кожи Пол не может ни открыть повторное слушание, ни организовать Коффи побег.
Наступает день казни. Коффи говорит Полу, что устал чувствовать боль окружающих его людей и хочет уйти. Во время разговора он берёт Пола за руку, и тот чувствует покалывание.
Когда Коффи отпускает его руку, у Пола на некоторое время обостряются зрение и слух.
Во время казни Коффи охранники плачут. Пол уверен, что они убивают чудо Божье, и это зачтётся им после смерти.
Благодаря прикосновению Коффи Пол доживает до ста четырёх лет. В сарае возле дома престарелых живёт давно поседевший Мистер Джинглс. Пол нашёл эту самую старую в мире мышь на ступеньках чёрного хода. Там Мистер Джинглс умирает, а Пол живёт ещё очень долго.