История начинается с того, что управление планетой Арракис по воле императора Шаддама IV переходит от монополии Дома Харконнен к их давним оппонентам, Дому Атрейдес. Герцог Лето Атрейдес принимает планету, измученную тиранией Харконненов, с нищим населением, главная ценность для которого — вода. Лето сулит жителям Дюны превратить их планету в рай.
Тем временем барон Владимир Харконнен не хочет отказываться от привилегий, которые даёт управление Дюной, и вражда между домами вспыхивает с новой силой. Ободренные тайной поддержкой Императора, желающего стравить два дома, Харконнены готовят военный переворот. Они вербуют Юэ, личного доктора герцога . После неудачных покушений на Пола, сына герцога, солдаты Харконненов, поддержанные сардукарами Императора, совершают открытую агрессию и сокрушают дом Атрейдес, с которым враждовали в течение многих поколений. Барон захватил Лето, но, тем не менее, упустил сына герцога — Пола Атрейдеса и его мать, леди Джессику, наложницу герцога. Тем удалось сбежать в пустыню, где они попадают к фременам — аборигенам пустыни, которые становятся главным оружием молодого герцога в его борьбе с Харконненами. Лето погибает при неудачной попытке убить барона.
Только теперь Пол узнаёт, что леди Джессика была предпоследним звеном к появлению Квисатц Хадераха, конечного продукта долгого генетического эксперимента ордена Бене Гессерит по созданию «Бене Гессерит» мужского пола, способного заглядывать в память предков как по мужской, так и по женской линиям. Женщины ордена способны полностью управлять своими физиологическими процессами, поэтому от герцога Лето у неё должна была родиться дочь, предназначенная для Фейд-Рауты, племянника барона Владимира Харконнена, являющегося её родственником (леди Джессика — дочь барона Харконнена, о чём ей на тот момент неизвестно), что также являлось результатом генетической программы Бене Гессерит. Но, из-за любви к герцогу Лето, Джессика родила ему сына Пола, который и стал Квисатц Хадерахом — первым мужчиной, обладающим силой Бене Гессерит. Пол принимает имя «Муад’Диб» и становится настоящим фременом: он учится ездить на песчаных червях, и находит свою любовь — юную фременку Чани. Фремены признают в Поле своего лидера, предсказанного им в пророчестве мессию — махди. Муад`Диб не хочет возглавлять джихад народов пустыни, но предназначение оказывается выше него.
Харконнены тем временем берут контроль над планетой и, при попустительстве императора, вытесняют фременов с их земель. Барон Харконнен назначает губернатором планеты глупого и жестокого Раббана, надеясь, что его зверства настроят против него местное население. Орудием новой интриги барона является его племянник Фейд-Раута. Когда он сменит ненавистного Раббана, народы Арракиса будут его боготворить. Барон и племянник, упиваясь властью, уже всерьёз задумываются над свержением Императора.
Муад’Диб возглавляет восстание людей пустыни против Харконненов, его признают вождём и главы племён, и бывшие слуги дома Атрейдес. Пол ведёт их в бой, оседлав песчаных червей, через взорванную часть Барьерной Стены. Дом Харконнен исчезает под ударом фременов. Муад’Диб становится всевластным правителем Арракиса. Правящий Дом Коррино и Космическая гильдия вынуждены принять его условия: они признают Пола императором, а Арракис — новой столицей, иначе Пол грозится уничтожить источник меланжа, песчаных червей. В качестве обоснования своих притязаний Пол вынужден отказаться от женитьбы на Чани и пойти на династический брак с дочерью Шаддама IV — принцессой Ирулан.