Главная героиня книги Беатрис Прайор выросла во фракции Отреченных, но всегда восхищалась Бесстрашными и втайне мечтала вырваться из своей фракции, но чувствовала себя обязанной родителям. Перед церемонией выбора её тест на склонности показывает неопределённый результат: она может стать Эрудитом, Отреченной, либо Бесстрашной, потому что она — Дивергент, человек со множественными склонностями. Однако правительство боится Дивергентов, потому что ими сложно управлять, поэтому Беатрис вынуждена скрыть свой результат. На церемонии выбора её брат Калеб выбирает Эрудицию, и Беатрис колеблется, не желая оставлять родителей, однако все же выбирает Бесстрашие. Теперь она — Трис, посвящённая, но пока ещё не член фракции, так как сначала нужно пройти инициацию.
Среди неофитов Трис находит себе новых друзей: Кристину и Ала из фракции Искренности и Уилла из фракции Эрудитов. Также она находит и соперников: Питера из фракции Искренних, Молли и Дрю. Трис никогда не приходилось драться или стрелять, так что её обучение продвигается медленнее, чем у всех остальных, за что над ней издеваются, либо жалеют. Однако она старается стать сильнее и искуснее в борьбе. Её триумфом становится победа над одной из самых сильных соперниц — Молли. Победа становится частично и местью Трис за её публичное оскорбление. Её друг Ал, несмотря на свою огромную физическую силу, отказывался причинять вред людям, даже своим соперникам, без веской причины и специально проигрывал почти во всех боях. В конце первого этапа имя Трис значится в списке шестой, и это значит, что она остаётся в Бесстрашии и не станет бесфракционником. Ал проявляет нежные чувства к Трис, но это вызывает лишь её недоумение и неловкость между ними. На фоне испытаний инициации развиваются отношения Трис и инструктора неофитов по прозвищу Фор. Поначалу ей кажется, что он безосновательно придирается к ней, однако со временем она понимает, что он просто подбадривал её таким образом и заставлял бороться.
Второй этап инициации строится на эмоциональном испытании, и каждый день инициируемые проходят процессы моделирования, которые погружают их в реалистичный мир, где они должны бороться со своими страхами, один за другим, пока человек либо преодолеет этот страх, либо сдастся. Для инициируемых процесс моделирования проходит очень болезненно, но то, что Трис — Дивергент, позволяет ей осознавать нереальность происходящего, чего не могут другие, и в результате она оказывается первой в списке. Ночью Питер, Дрю и Ал избивают Трис и хотят убить её, сбросив с обрыва на скалы. Но случайно оказавшийся поблизости Фор спасает её. Вскоре после случившегося Ал умоляет Трис простить его, но она отказывается, пригрозив его убить, если тот ещё раз заговорит с ней. В отчаянии от её отказа и из-за страха стать бесфракционником Ал прыгает с обрыва. Трис, Кристина и Уилл шокированы его поступком. Все в Бесстрашии, во главе с Эриком, превозносят самоубийство Ала, считая это проявлением храбрости, но Трис видит в этом поступке только проявление человеческой трусости.
На протяжении следующих дней стремительно развиваются отношения Трис и Фора. Фор узнает, что Трис дивергент и старается всячески защитить её от опасностей жизни во фракции Бесстрашия. Трис узнаёт, что третий этап инициации — это более продвинутая версия моделирования — «пейзаж страха», — где инициируемым придётся преодолеть все свои страхи. При этом испытании будут присутствовать важнейшие генералы, и если Трис разоблачит себя, то её убьют. Фор решается помочь Трис: он хочет, чтобы она показала себя как Бесстрашная, а не дивергент. Для этого Фор вместе с Трис отправляются в его пейзаж страха, где Трис узнаёт его настоящее имя — Тобиас, а также узнает, что в детстве он подвергся насилию со стороны отца. Трис также узнаёт почему Тобиаса называют Фор: у него всего четыре страха. Это минимальное количество страхов, которое когда-либо было у члена фракции Бесстрашных. После тренировок Фор показывает Трис татуировку на спине. На ней отражены изображения всех фракций. Так Трис узнает, что Фор тоже дивергент. Затем Трис случайно открывает Тобиасу свои чувства, и, отвечая на них взаимностью, он целует её.
Трис приходит в Эрудицию, чтобы увидеться со своим братом Калебом, однако замечает, что идеалы Эрудитов уже поселились в нём, и он уже не тот человек, которого она знала. Там же, в Эрудиции, её вызывает к себе их глава, Джанин Мэтьюз, автор обличительных, революционных статей против Отречения (и, в частности, против родителей самой Трис). Трис понимает, что Джанин представляет непосредственную угрозу её жизни и благополучию города, так как жаждет обладать властью над фракциями любой ценой.
По результатам третьего этапа Трис занимает первую строчку в списке. После окончания инициации Эрик вводит всем Бесстрашным новейшую версию сыворотки, которая погружает не-Дивергентов в своеобразный транс, во время которого они становятся безвольным орудием для убийств. На Трис и Тобиаса, как Дивергентов, сыворотка не действует. Они, сливаясь с безвольной армией Бесстрашных, попадают в Отречение, однако Эрик разоблачает их, после чего их приводят в штаб к лидеру Эрудитов — Джанин. Она вводит Тобиасу новый вид сыворотки, который действует даже на Дивергентов. Тобиас теряет волю. Эрудиты пытаются убить Трис, но её спасает Натали, её мать, которая оказывается бывшим членом фракции Бесстрашных, и они вдвоем убегают из штаба. По пути Натали погибает, пытаясь спасти Трис, и говорит ей найти отца.
По пути в убежище Трис сталкивается с Уиллом, и вынуждена застрелить его, так как он находится под воздействием сыворотки Джанин. Найдя отца, она обнаруживает с ним своего брата Калеба и Маркуса (отца Тобиаса и главу фракции Отреченных). Вместе они решают отправиться в логово Бесстрашных, чтобы помешать геноциду фракции Отреченных. В лагере Бесстрашных они находят Питера, которому не вводили сыворотку. Он показывает им путь к центру и умоляет взять его собой. Они добираются до центра управления Бесстрашными, но Бесстрашные под воздействием сыворотки убивают отца Трис. Она находит Тобиаса, находящегося под действием сыворотки. Они борются, и в конце Трис удаётся возвратить Тобиаса в сознание. Тобиас отключает остальных Бесстрашных. Трис пытается заставить Джанин отключить всю систему и стереть программу, но та не поддается, потому что готова умереть за свои принципы. Тогда, увидев одну из ампул с сывороткой, Трис вводит её Джанин, и Тобиас, управляя её сознанием, дает команду отменить задание и стереть файлы. В центр управления направляются солдаты, поэтому Трис, Тобиас, Питер, Калеб и Маркус забираются на поезд и отправляются в Дружелюбие, где они смогут укрыться на некоторое время и решить, что делать дальше.