Повествование ведётся от имени машиниста электропоезда московского метрополитена. Это невысокий лысеющий человек лет тридцати пяти — сорока с длинными волосами, редкой бородой, острым подбородком, впалыми щеками, тонкими, плотно сжатыми губами, вздёрнутым носом и добрым, но в то же время твёрдым и бескомпромиссным взглядом. Машиниста зовут Павел. Он давно работает в метро, курсируя по одной ветке, и мучается от однообразия и страха, что кто-то с платформы бросится под колёса.
Однажды в беседу с диспетчером по рации вклинивается незнакомый голос и требует от машиниста пропустить состав, о котором он не знает. Павел останавливается и видит необычный поезд, который едет по метро, выпуская клубы дыма. Ошеломлённому, ему кажется, что это сон, галлюцинация, усталость, и он забывает о случившемся до следующего раза, когда начальник поручает ему перегнать пустой поезд в ремонтное депо. Павел отправляется один и на том же самом перегоне обнаруживает, что необычный поезд только что проехал и за ним закрываются искусно подогнанные ворота.
Павел без опаски направляет свой поезд туда, решив списать всё на то, что ошибся и заехал не туда, и выяснить, куда ведёт нигде не обозначенная ветка. Ворота за ним закрываются, как выяснится потом, на долгие двадцать лет. Линия очень длинна и не кончается. Павел вынужден разогнать поезд до максимума. Потеряв бдительность, он не успевает затормозить, когда рельсы заканчиваются, и поезд проваливается в пропасть. Машинист успевает убежать в вагон.
Падение оказывается удачным. Повредив руку, Павел попадает на огромную подземную свалку. Забравшись на гору мусора, он видит груды разбитых поездов, электричек, которые упали сюда раньше него. Павел вспоминает, что среди старожилов метро ходят слухи о пропавших поездах. Иногда с пассажирами.
Оправившись, Павел исследует местность — покорёженные поезда, где находит трупы пассажиров, а также погибшего знакомого машиниста, который пропал за несколько лет до него. Он убивает камнями летучих мышей, чем и кормится. Исследуя местность, Павел находит воду, следы от машин, но куда бы от не отправился, везде натыкается на гладкую стену, которая уходит высоко вверх.
Постепенно Павел начинает понимать, что находится в каменном мешке. Им овладевает отчаяние, так как спасения ждать неоткуда. Подземная свалка огромна, и ему приходится преодолевать большие расстояния. Павел изучает мусор, который также необычен, как и всё вокруг, организует себя стоянку.
Во время одной пешей экспедиции Павел заходит далеко и находит рабочую бытовку или контору в два этажа. Здание пусто, обесточено, но ему везёт, и он находит действующий провод, запускает генератор. У здания стоят поезда, трактора, погрузчики, но у всех вырезаны двигатели. Павел решает перебраться в контору. Здесь же, в подвальном помещении, он находит запасы провизии и спиртного.
После осмотра Павел делает вывод, что ушедшие отсюда сделали всё, чтобы тот, кто сюда попадёт, не смог выбраться, а здание было конторой по приёму отходов. От здания уходят рельсы. Павел понимает, что по ним доставляли мусор. Он находит дрезину и отправляется в путь. Через несколько часов изматывающего путешествия дрезина проваливается в яму перед огромными воротами для поездов. Рельсы срезаны, шпалы убраны, ворота, покрытые многими слоями краски, спеклись, петли заржавели. Павел понимает, что ими не пользовались десятки лет.
Надежда на спасение улетучилась, к тому же Павел потерял счёт времени и понял, что наверху наступила зима, когда потолок в самых высоких точках покрылся изморозью. Внизу же было всегда комфортно и тепло, что озадачивало Павла. В этот момент заработали огромные вентиляторы, которые выбросили горячий, влажный воздух с запахом пыли и раскаленного асфальта. Кто-то стравливал на свалку пар и тем самым поддерживал здесь приемлемую температуру.
Впав в отчаяние, осознав, что находится здесь уже не один год, Павел злоупотребляет спиртным и подозревает, что он в подземелье живёт не один, так как вещи перемещаются и появляются там, где их не было. Однажды, очнувшись с бутылкой в руках далеко от конторы, Павел слышит телефонный звонок, который раздаётся из здания. Он бежит, спотыкается, падает и засыпает. На другой день осознав, что слышал, Павел более внимательно обследует здание, находит телефон и пытается позвонить, но аппарат не позволяет куда-либо дозвониться.
Павел устанавливает дежурство и ждёт звонка. Звонок раздаётся неожиданно. На другом конце провода — старый мужчина, который не внимает просьбам Павла о помощи, а ведёт странный монолог, и Павел больше слушает, чем говорит, так как просить о помощи бесполезно. Сумасшедший начинает звонить чаще, но Павел понимает, что и сейчас ему не выбраться из подземелья.
В конце концов истощенный морально и физически, Павел заболевает. Что-то подтачивает его здоровье. Периодически он теряет сознание, много спит. В этот период в подземелье падает очередной состав, но Павел этого не слышит и не видит, так как пребывает в забытьи.
Вскоре организм справляется с болезнью, и Павел потихоньку начинает двигаться, приходить в себя. Однажды Павел решает разжечь костер, чтобы погреться. Все ещё очень ослабленный, Павел впадает в дрёму у жаркого пламени, а оно привлекает внимание существа, которое выползло к костру.
Тень оказывается жалким, обёрнутым в лохмотья стариком, потерявшим человеческий вид. Гноящаяся культя вместо руки, беззубый рот с чёрными дёснами, сквозь лопнувшую пергаментную кожу видна бордовая плоть. Убогий, видимо, умирает. Шамкая, он повторяет что-то вроде «Там».
На глазах Павла незнакомец умирает. Окрепнув, Павел хоронит иссохший труп и замечает, что местность вокруг изменилась, словно ветром нанесло много мусора. Он отправляется к эпицентру и находит новый поезд. Состав сильно покорёжен, утонул в мусоре, но Павел пробирается внутрь и осматривает поезд с конца, приближаясь к кабине машиниста.
Вход в кабину машиниста освещён, Павел входит, видит разбитое тело коллеги и понимает, что поезд пробил стену и нависает над крышей дома. Павел видит сотни черепичных крыш, чувствует запах моря. Он в частном секторе немноголюдного города. Незамеченный, Павел спрыгивает на крышу и подслушивает разговор рабочих, которые собираются ремонтировать пострадавший дом.
Павел выходит на улицу и сталкивается с рабочим, лицо которого кажется ему очень знакомым. Не вызывая ни у кого интереса, он спокойно передвигается по городу, но его перехватывает молодой человек, блюститель порядка. Оказывается, здесь знали, что кто-то обитает на свалке, но не беспокоились, ведь долго там никто не выживал. Новый знакомый провожает Павла в гостиницу, где ему предоставляют номер, питание и медикаменты.
Выглянув из окна, Павел видит под сводом искусственные приборы освещения, искусственные облака, порой идёт дождь. Он понимает, что находится в подземном городе, и надеется выбраться на поверхность, но лечение затягивается, ему находят работу по профессии, а на все вопросы о том, как покинуть город, его куратор отмалчивается или отвечает уклончиво.
В городе очень много двойников, много похожего в поведении, внешнем виде, и Павел вновь погружается в однообразие, серость, хотя понимает, что учёные города проводят опыты, неизвестные на поверхности. Павел работает в сфере транспорта и обслуживает Академгородок. Со временем он и сам становится одной из жертв опыта, но до этого, понимая, что добровольно его отсюда не отпустят, предпринимает несколько попыток прорваться наверх. Однако все они неудачны, так как за ним пристально следят и ему катастрофически не везёт. После очередного неудачного побега он попадает в руки подземного правосудия, его осуждают на смертную казнь.
В последний момент Павла для своих целей отвоёвывают учёные. Их манипуляции Павлу непонятны. После несложных процедур он вновь водворён к себе в номер. Павел успокаивается на долгие годы, живёт подземной жизнью, наблюдая за ней.
Уже будучи в зрелом возрасте он предпринимает ещё одну попытку побега, которая также оканчивается неудачно. Его упорство оценено и принято решение отпустить его, но на поверхности никто не должен узнать о том, что под Москвой есть город, и за Павла вновь берутся медики. Спустя два десятка лет действие введённых ему препаратов слабнет, и старый Павел приходит в себя на остановке возле Павелецкого вокзала, не понимая, что с ним сделали учёные.