Повествование ведётся от лица семилетнего мальчика-сироты.
Родители семилетнего мальчика погибли в автокатастрофе, и он отправился жить в Норвегию к бабушке. Бабушка была великолепной рассказчицей. Мальчик любил слушать все её истории, но больше всего ему нравился рассказ о ведьмах — уродливых созданиях, которые ненавидят человеческих детей. Бабушка рассказала мальчику историю о пятерых детях, которых заколдовали ведьмы, и объяснила, как распознать злодеек. Она также рассказала, как встретилась с одной из них и потеряла палец на левой руке.
Карьера охотницы на ведьм бабушке не удалась, ведь она не убила ни одной из них. Несмотря на то что ведьмы выглядят как обычные люди, они «демоны в человеческих обличьях». Свои лысые головы ведьмы скрывают под париками, а когтистые лапы прячут в перчатки, у них синяя слюна, огромные ноздри и нет пальцев на ногах, поэтому носить обувь им нестерпимо больно.
По завещанию родителей мальчик и бабушка возвратились в Англию. Здесь мальчик родился и ходил в школу, здесь же находился дом, который он в будущем получит по наследству. Бабушка попросила его быть осторожным, ведь ведьм в Англии очень много. Они часто превращают детей в отвратительных созданий, которых взрослые сами убивают.
На другие вопросы мальчика бабушка отвечала, что в разных странах у ведьм свои обычаи. Ведьмы каждой страны очень тесно общаются, а контакты ведьм из разных стран запрещены. Она попросила мальчика остерегаться Главной Ведьмы, дьявольского лидера всех ведьм на свете, которая раз в год собирает ведьм всего земного шара на съезд.
Вскоре после возвращения в Лондон мальчик чинил крышу дома на дереве и увидел странную женщину в чёрном, которая смотрела на него, жутко усмехаясь. Он понял, что перед ним ведьма. Когда женщина предложила ему в подарок змея, он взобрался ещё выше на дерево и оставался там, не смея спуститься, пока за ним не пришла бабушка. Этот случай заставил их быть осторожными. Теперь мальчик внимательно изучал всех женщин, чтобы понять, ведьмы они или нет.
Вскоре бабушка заболела пневмонией, и доктор порекомендовал ей уехать на каникулы в Норвегию. Вместо этого, она и внук, который взял с собой домашнюю мышку, отправились в роскошный отель в Буренмуте, городе на южном побережье Англии. Одновременно здесь же собирался конгресс по защите детей. Мальчик сразу догадался, что этот «конгресс» — ежегодное собрание всех английских ведьм, так как все участницы без конца чесали головы руками в перчатках.
Мальчик случайно оказался со своим домашним питомцем в зале заседаний и спрятался под столом. На сцене появилась молодая женщина, сняла маску и превратилась в Главную Ведьму. Пожурив английских ведьм за отсутствие прогресса в уничтожении детей и уничтожив одну из них за заявление, что всех детей нельзя ликвидировать, Главная Ведьма изложила свой план.
Все английские ведьмы должны открыть магазины бесплатных сладостей и подмешивать в них «Формулу 86» — новое изобретение Главной Ведьмы, превращающее детей в мышей. Взрослые будут сами убивать детей, когда увидят вместо них мышей. Для демонстрации Главная Ведьма превратила в мышку прожорливого мальчика, которого заманили в конференц-зал, пообещав ему «горы шоколада». Затем ведьмы почувствовали присутствие рассказчика и схватили его. Главная Ведьма капнула ему в рот «Формулу 86», и наш герой превратился в мышь.
Мальчик в образе мыши мог контролировать себя и даже говорить. Он вернулся в номер, рассказал всё бабушке и предложил насыпать ведьмам «Формулу 86» в пищу во время банкета, чтобы те тоже превратились в мышей. С большими трудностями мальчику удалось достать бутылочку с зельем из комнаты Главной Ведьмы.
Мальчик нашёл кухню, где готовилась еда для ведьм, и вылил снадобье в кастрюлю. Возвращаясь в обеденный зал, повар увидел мышь и отрубил ей часть хвоста, но мальчик успел добежать до бабушки. Отведав еду, ведьмы превратились в мышей. Запаниковав, персонал отеля и гости убили Главную Ведьму и её сподвижниц.
Вернувшись домой, мальчик и бабушка начали разрабатывать план, как уничтожить всех ведьм в мире. Узнав местонахождение замка Главной Ведьмы в Норвегии, они решили отправиться туда и с помощью эликсира превратить её последовательниц и приспешниц в мышей. Используя машину Главной Ведьмы по изготовлению денег и информацию обо всех ведьмах в мире, они утвердились в своём желании. Бабушка посчитала, что её внук в теле мыши проживёт недолго, лет восемь. Мальчик не возражал — он не хотел пережить бабушку и считал, что они должны умереть в один день.