Уход с ВДНХ
Спустя год после событий, связанных с обороной бункера Д-6 от батальона красных под командованием генерала Корбута, Артём вместе со своей женой Анной перебрался на ВДНХ. В течение года Артём несколько дней в неделю выбирается на поверхность, пытаясь связаться с выжившими. Население станции беспокоится в связи с его выходами. Артём и Аня ругаются из-за выходов, а также из-за того, что у них не получается зачать ребёнка.
Однажды на станцию приходит таинственный человек с Севастопольской — Гомер. Он говорит Артёму, что хочет написать про него книгу (в частности — про его подвиг по уничтожению Чёрных). Гомер также говорит, что знает человека, который связывался с выжившими из других городов, — некоего Пётра Умбаха, бывшего радиста, который живёт на Театральной. Артём предлагает сделку: они отыщут Умбаха, а Артём расскажет Гомеру всю правду о себе для его книги. Оба уходят со станции.
На Ганзу
Проходя через Алексеевскую на Рижскую, герои знакомятся с одним из брокеров — Лёхой. С ним герои идут на Проспект Мира, где их пропускают на Ганзу. Однако на Кольцевой линии героев встречает майор СБ Ганзы Борис Свинолуп и ведёт в свой кабинет для допроса. После решения проблемы Свинолуп выдаёт героям проводника, и Лёха, Артём, Гомер с проводником на ганзейской маршрутке доезжают до Новослободской, оттуда переходят на Менделеевскую. Менделеевская находится в полузатопленном состоянии, на ней много детей-попрошаек. Гомер, Артём и Лёха знакомятся с местным фермером — Олегом, у которого за два патрона покупают сырое яйцо. Из-за конфуза, связанного с этим яйцом, Артём случайно выстреливает в Олега (по его же вине). Артём несёт раненного Олега на Ганзу, но их не пропускают из-за отсутствия визы у фермера. Они замечают, что через станцию проплывает плот на Цветной бульвар. А так как на Цветном есть медпункт, герои берут Олега и его курицу и отправляются на Цветной бульвар вместе с добровольными мигрантами в Четвёртый Рейх.
Цветной бульвар
Прибыв на Цветной, Артём с Гомером несут Олега в медпункт, а Лёха идёт пить с мигрантами. Позже Артём с Гомером также приходят в бар выпить. Пьяный Артём знакомится с несколькими фашистами, в том числе с Дитмаром. Наутро Артём приходит в себя в одних портках и обнаруживает, что кто-то выжег сигаретой его татуировку, сделанную во время пребывания в Ордене. Артём с Гомером пытаются перейти на Трубную, но в последний момент оказывается, что Артём потерял свои документы, находившиеся в пропавшей одежде, и теперь ему не пройти через пограничников. Артём знакомится с Сашей — выжившей жительницей Тульской. Артём рассказывает о ней Гомеру, но тот ему не верит. Несмотря на ненависть, которую Артём испытывает к фашистам, от безысходности герои решают отправиться с Лёхой и мигрантами в Рейх.
Изменившийся Рейх
Прибыв на Чеховскую-Вагнеровскую, они первым делом проходят медосмотр. Лёху направляют на «дообследование», тогда как Артёма с Гомером направляют на Тверскую-Дарвиновскую. Унтер-офицер Дитмар проводит экскурсию по станции, а затем все трое заходят в гости к Илье Степановичу — учителю истории. Дитмар даёт Артёму задание — подорвать переход на Театральной, ведущий на Охотный ряд, к Красной Линии. Артём идёт один, в противном случае Гомера угрожают повесить. Идя по Тверской улице, Артёма замечают броневик и мотоциклист, которые ранее уничтожили фашистских сталкеров, пытавшихся проделать работу, порученную Артёму. Артём принимает их за красных и прячется от них, а после добирается до Театральной.
Красные Править
Установив мину, Артём принимается за поиски Умбаха, которого за подозрение в шпионаже красные ведут на Охотный ряд, в карцер к другим политическим заключенным. Артём отправляется за ним, но его ловит Глеб Свинолуп — брат Бориса с Ганзы. Он отводит Артёма к Умбаху. После недолгого разговора Глеб расстреливает Умбаха. В этот же момент гремит взрыв, Артём выхватывает «Наган» у Свинолупа и стреляет в него. Безрезультатно пытаясь убедить других заключённых бежать с ним, Артём сбегает со станции на поверхность и идёт в Полис по поверхности без какой-либо радиационной защиты.
Встреча со старыми знакомыми
Артём приходит к гермоворотам Боровицкой, но его не узнают. Поэтому Артём просит доложить Мельнику о своём визите. Его впускают. Пройдя до Библиотеки имени Ленина, Артём видит построенных спартанцев, среди которых его друзья — Летяга, Князь, Тимур и другие. Увидя полковника, Артём от радости отдаёт ему честь, на что Мельник не обращает никакого внимания. Однако позже полковник приглашает Артёма в свой кабинет на Арбатскую для разговора. Мельник просит Артёма вернуть Анну и выражает своё мнение о том, что Артём сошёл с ума. В этот же момент Артём рассказывает про события в Рейхе и на Охотном ряду. Мельник решает отправить Фюреру конверт от некоего Алексея Феликсовича с предложением прекратить войну. Артём ставит условие: Анна вернётся только в том случае, если Мельник отправит Артёма с группой, которой поручено доставить конверт. Мельник соглашается. От Боровицкой в Рейх Артём идёт с Летягой и ещё двоими новичками с Ганзы — Юрцом и Нигматуллиным. У границ Вагнеровской их встречает Дитмар и пускает только Артёма. Летяга обещает дожидаться Артёма, но того после недолгого разговора бросают в концлагерь на Пушкинскую-Шиллеровскую к Гомеру и Лёхе.
Побег из Рейха
Спустя несколько дней Илья Степанович забирает Гомера для помощи в написании новой истории Рейха. Немного позже сообщается, что красные захватили Кузнецкий Мост и наступают на Шиллеровскую. В связи с нехваткой времени на минирование туннеля, фашисты гонят Артёма, Лёху и остальных «уродов» на перерез красным, пока сами минируют туннель. В перегоне Шиллеровская—Кузнецкий Мост «уроды» и красные чуть не сталкиваются лбами, когда фашисты подрывают туннель. В темноте все начинают расспрашивать друг друга, кто они. Оказывается, красные — это тоже заключённые, но с Лубянки. Артём начинает расспрашивать людей о выживших и слышит слово «Балашиха». Он понимает, что Балашиха — город недалеко от Москвы, и принимает решение дойти до него. Он выбирается на поверхность вместе с Лёхой, и оба идут на Цветной.
Балашиха
На Цветном Артём вновь встречается с Сашей и рассказывает ей про Балашиху. Она говорит, что у сталкера Савелия скоро будет ходка на поверхность, и Артём может пойти с ним. Позже Артём знакомится с Савелием, и на личной машине сталкера Артём, Лёха и сталкер едут в Балашиху. Уже в городе они обнаруживают несколько «глушилок», огромную яму с кучей трупов, которые едят собаки, и форпост, занятый военными. Артём принимает решение зачистить здание. Вместе с Савелием и Лёхой, Артём уничтожает охрану форпоста, однако понимает, что приедут другие.
Ничего не поделав с радиорубкой, Артём со злости ломает провода, из-за чего в следующее мгновение по рации доносятся голоса выживших городов: Владивостока, Воронежа и других. Савелий в радости уезжает по направлению к своему родному городу, искать выживших. Артём и Лёха остаются в форпосте. Вскоре к ним приходят трое: отец с двумя сыновьями. Они говорят, что пришли из Мурома искать других выживших. Артём рассказывает им правду о выживших, и муромцы обещают помочь. Артём замечает, что из Москвы едут пять грузовиков, и приказывает занять оборону. Возвращается Савелий. Артём заливает соляркой бак экскаватора и решает снести «глушилки». Внезапно из наушников он слышит голос Летяги, который хочет поговорить с Артёмом, если они не будут стрелять. Артём, недолго думая, впускает Летягу в форпост. Спартанец тут же убивает муромцев и сдаётся Артёму, объяснив это тем, что муромцы — шпионы Запада, и что война не окончилась. Артём, с трудом поверив Летяге, вместе с Савелием и Лёхой едет в Полис.
Бунт на Комсомольской
Попавшего в Полис Артёма ведут к Мельнику. Полковник объясняет Артёму, что война с Западом ещё не кончилась, а выжившие города — это также проделки Запада. В знак примирения Мельник даёт жетон Ордена Артёму, возвращая его в строй, а также обещает принять и Лёху с Савелием. В это время Летягу отправляют на задание, и Артём также хочет пойти с ним. Мельник пытается его отговорить, просит полежать в госпитале, но тщетно. В конечном итоге Артём, Лёха и Савелий идут с Летягой выполнять задание: доставить десять тысяч патронов орденским бойцам. Как выясняется, патроны нужно было доставить на Комсомольскую — красным, врагам Полиса. Летяга говорит Артёму, что патроны — гуманитарная помощь.
Попав на станцию, они видят сотни голодных бунтующих людей. Глеб Свинолуп, который выжил на Охотном ряду, приказывает прекратить панику, в противном случае солдаты откроют огонь. Артём понимает, что люди обречены на смерть, и кричит, чтобы они пошли на поверхность. В это время в него стреляет кто-то со стороны Свинолупа. Не в силах больше сдерживать толпу, Глеб приказывает открыть огонь. Граждане сотнями начинают умирать. В толпе пропадает Савелий. С огромным трудом Артёму, Летяге и Лёхе удаётся бежать со станции на Цветной бульвар.
Невидимые наблюдатели
Попав на Цветной, герои видят толпы мокрых фашистов. Им объясняют, что Рейх на время затопило и все фашисты бежали на Маяковскую и Цветной. Найдя при помощи Дитриха — заместителя Дитмара — выживших Гомера и Илью Степановича, Артём рассказывает им всё, а потом уходит к Саше. У Саши он теряет сознание и приходит в себя в другом помещении. Его встречает тот самый Алексей Феликсович и ведёт на экскурсию по бункеру, в котором находится Артём. Главный герой замечает, что люди здесь живут очень хорошо, и понимает, что все остальные жители метро ничего не знают про этот бункер. После этого Бессолов возвращает Артёма на Цветной. Он идёт в Полис, где встречает Гомера, Лёху, Илью и Летягу. Их всех посадили в обезьянник и собираются устроить над ними суд. Гомер и Илья представлены как свидетели. Узнав от Ани, которая также оказывается в Полисе, что Мельник собирается провести товарищеский суд, Артём придумывает план: пока их с Летягой судят, Гомер, Илья, Лёха и ещё несколько верных Артёму спартанцев отправляются в Рейх, где печатают листовки и раздают их всем на Таганской, откуда идут в Бункер задерживать Бессолова и приводят его прямо в Полис.
«Правда»
Летягу, Илью и Артёма ведут на суд. Из-за того, что Артём якобы помешался, ему залепляют рот. На суде за Артёма говорит Летяга, но его убивает кто-то со стороны ганзейских спартанцев. Начинается неразбериха. Но внезапно на суд приходит человек, который рассказывает «правду» про выживших: он говорит всем, что Запад выжил, и даёт прослушать запись якобы с Запада. Потом в зал Совета входит Бессолов и с ним Лёха. Бессолов обещает, что все государства Метро он соединит в одно целое, и все они будут противостоять выжившему Западу. У Артёма начинается истерика. Лёха — друг Артёма, предаёт его. Но вдруг Тимур — спартанец, который должен был идти вместе с Гомером и Лёхой, отводит Артёма на Боровицкую и приводит к нему Аню. На станции Артём встречается с Гомером. Тот говорит, что всё это не для него. Он решил написать всю правду про Артёма в своей книжке. Тимур предлагает Артёму с Аней бежать на Полянку, но Артём требует, чтобы Тимур отвёл их к машине Савелия, на поверхность. С ними бежит Илья Степанович. За ними начинается погоня. Добежав до машины, все кроме Тимура садятся в неё и уезжают на ВДНХ. Тимура, который пытается сдаться своим, убивают.
Возвращение на ВДНХ
Ночью Артём, Аня и Илья таки добираются до ВДНХ, где им открывает гермоворота Никицка и, оставив Илью на попечение дозорному, Артём с Аней идут в свою палатку. Наутро Артём встречает отчима, который готовил сюрприз Артёму в качестве кабанчика, которого впоследствии они зажаривают. Во время праздника Сухого зовут переговорить кое с кем. Как потом оказывается, на станцию приходили люди с Ганзы с требованием выдать им Артёма и угрожая блокировать станцию в случае отказа. Артём безуспешно пытается вразумить людей на ВДНХ, что можно пойти до Мурома и жить там, на поверхности, без противогазов. Наоборот, все жители начинают требовать, чтобы Сухой выдал людям с Ганзы Артёма. Дабы не подвергать станцию опасности, Артём с Аней уезжают во Владивосток на машине Савелия.
Послесловие
Некоторое время машину Артёма и Анны незаметно сопровождает Алексей Звонарёв, сидя в броневике Полиса. Передав по рации Алексею Феликсовичу, что Артём отчалил от Москвы, Лёха, по приказу Бессолова, возвращается назад.