Автор рассказа начинает свою историю с того, что он никак не может вспомнить, где и когда он познакомился с леди Лигейей. Они познакомились и через некоторое время поженились. Рассказчик описывает всю красоту и великолепие Лигейи. По его словам, никакая муза не смогла бы сравниться с красотой Лигейи. Она была безумно красива и умна, всегда смогла бы поддержать разговор и поговорить о чём-то интересном. Автор описывает её божественное лицо, и, по его словам, глаза Лигейи были самые таинственные. В эти глаза он глядел по ночам, желая понять их загадку.
Но хорошая жизнь продлилась недолго. Вскоре Лигейя заболевает тяжёлой болезнью и умирает. В последний день своей жизни она попросила мужа прочитать стихотворение, написанное ею. После этого начался бред, и жизнь Лигейи кончилась.
Через месяц после смерти жены автор встречает леди Ровену Тревенион из Тревейна. Они вступают в брак и переходят жить в аббатство, имени которого автор не желает называть. Он описывает комнату, в которой они спали. Так проходит немало времени. Вскоре Ровена заболевает. Автор вспоминает Лигейю. Болезнь вызывала у неё видения и бред. По её словам, она слышала звуки, видела разные фигуры, но автор не верит ей до тех пор, пока сам не видит таинственную прозрачную фигуру, когда ходит за вином Ровены. Потом он увидел прозрачные, почти невидимые капли, которые лились в рот Ровены. Через несколько дней она умирает. До похорон её тело остаётся в комнате. Автор не мог уснуть из-за непонятных звуков: плач, дыхание, шорох. Когда он подошёл к телу Ровены, её губы зашевелились. Автор был убеждён, что она жива, однако слуг позвать не мог, потому что они находились далеко. Он ничего не мог поделать. Ровена шевелилась всё больше и больше. Вскоре она встала на ноги и упала на руки главного героя. Её лицо изменилось. Это была леди Лигейя.