Повествование ведётся от имени племянника профессора Эйнджелла.
У рассказчика при загадочных обстоятельствах умирает двоюродный дед, Джордж Геммел Эйнджелл, профессор в отставке, крупный специалист по письменам.
Будучи наследником и душеприказчиком покойного, рассказчик изучает все архивы. В одном из ящиков он находит странный глиняный барельеф, изображающий фантастическое чудовище, газетные вырезки, в основном, посвящённые психическим расстройствам и случаям буйного помешательства 1925 года, а также работу профессора под названием «Культ Ктулху».
Из рукописи выясняется, что барельеф сделал скульптор Уилкокс в состоянии полусна, именно он и принёс его профессору Эйнджеллу. В то время молодого скульптора, как и множество других творческих людей, преследуют сновидения о циклопических городах. Старик уже видел подобное изображение раньше: полицейский инспектор Леграсс демонстрировал похожую фигурку на конференции в Сент-Луисе, куда прибыл собрать информацию о секте, в захвате которой принимал участие. О ней удалось выяснить крайне мало — участники её говорят немного, а среди профессоров только один вспоминает, что есть жестокое племя эскимосов с подобными традициями.
Будучи в гостях у своего друга, племянник профессора обращает внимание на заметку в журнале, которая описывает странный случай с брошенным судном. Выживший, помощник капитана Густав Йохансен, сжимал в руках идола неизвестного происхождения. Он рассказал странную историю о пиратах и резне, учинённой ими. Команда корабля «Эмма» победила в схватке с разбойниками. Моряки были вынуждены пересесть на яхту пиратов, так как их судно не было пригодно для дальнейшего плавания. Они попали на остров, где погибла почти вся команда. О дальнейшем моряк не рассказал.
Фотография в журнале, на которой изображена статуэтка Ктулху, возбуждает интерес рассказчика. Он возобновляет своё расследование и прибывает в Осло, рассчитывая поговорить с Йохансеном, но тот погибает при загадочных обстоятельствах незадолго до приезда исследователя. После себя он оставляет рукопись на английском языке.
Из рукописи становятся ясны обстоятельства гибели моряков. Они наткнулись на странный остров. Все испытывали страх перед этим местом, но решили его осмотреть. Именно в это время Ктулху пробудился ото сна, он и виновен в гибели людей. Из всего экипажа в живых осталось только двое, но один моряк потерял рассудок и умер через несколько дней. Йохансену удалось добраться до яхты вместе с сумасшедшим товарищем, но времени для набора скорости у него не было. Поэтому он направил яхту прямо на чудовище и протаранил его. Ктулху распался на кусочки, но вновь начал собираться. Однако выигранного времени хватило, чтобы уйти на приличное расстояние.
Окончив своё исследование, племянник профессора понимает, что жить ему осталось недолго — последователи культа найдут и устранят его.