Школьник Тонио Крёгер влюблён в одноклассника Ганса. Они вместе гуляют, Тонио провожает его до дома. Крёгер предлагает Гансу почитать «Дон Карлоса» Шиллера, но того больше интересуют рисунки лошадей. Тонио чувствует себя одиноким и непонятым.
Влюблён Тонио и в Ингу. Ради неё он ходит к учителю танцев. Но Инга не обращает на него внимания, а он мучается и ошибается в кадрили. В Тонио влюблена другая девочка, но он уже начинает понимать, что счастье — не в том, чтобы быть любимым, а в том, чтобы ловить мимолетные мгновенья близости к своей возлюбленной.
Род Крёгеров разоряется, фирма продаётся, мать второй раз выходит замуж. Повзрослев, Тонио уезжает в другой город. Как писатель, он понимает, что без любви сердце мертво, и ищет плотских утех, распутничает, за что всё время корит себя. Нравственные страдания Тонио усиливают его талант. Он работает не ради пропитания, просто жизнь без работы для него не существует. Крёгер считает, что хорошие произведения возникают лишь в борьбе с трудностями, и надо умереть, чтобы творить великое искусство.
Тонио живёт в Мюнхене и часто общается с друзьями: художницей, своей ровесницей, и новеллистом. Друзья ведут длинные споры об искусстве и своей роли в нём.
Тонио переезжает в Данию, посещая по дороге свой родной город недалеко от датской границы. Остановившись в лучшей гостинице, Тонио направляется к дому Ганса, вспоминает их прогулки. В родном доме Крёгера теперь народная библиотека. По дороге в Данию писателя останавливает полиция и требует документы, но у Тонио их нет. Он даёт им корректуру романа, подписанного его фамилией, и Крёгера отпускают.
Приехав в датский город Хельсингер, Тонио останавливается в маленькой прибрежной гостинице, куда вскоре приезжает группа экскурсантов. В этой группе Тонио видит Ганса и Ирму, они его не замечают. На вечернем балу Крёгер следит за ними и понимает: он их по-прежнему любит, никогда их не забывал и для них работал. Внезапно он сознаёт, что хотел бы повернуть время вспять, ничего не писать, быть весёлым, добропорядочным и любимым, иметь жену и детей. В письме к художнице Тонио признаёт, что она была права, когда назвала его бюргером. Он стоит меж двух миров. Художники видят в нём обывателя, а обыватели хотят арестовать. Он обещает ей добиться большего. Тонио отдаёт свою любовь «белокурым и голубоглазым, живым, счастливым, дарящим радость, обыкновенным». Эта любовь благодатна и плодотворна.