Книга 1. Курильщик
Дом инвалидов, стоящий на окраине города, местные жители не любят, называют Серым Домом и считают странным. Дети в Доме делятся на группы, у каждой из которых есть вожак. Одного из новичков, инвалида-колясочника Курильщика, изгоняют из образцовой группы ябед и лицемеров Фазанов за независимость и привычку курить.
Курильщика, незнакомого ни с правилами, ни с историей Дома, переводят в четвёртую группы, возглавляемую Слепым. Ребят из неё все боятся, уважают и считают «беспредельщиками». Курильщик знакомится с колясочниками — смешным, лохматым Табаки и удивительно красивым Лордом, а также со спокойным, рассудительным и почти здоровым Чёрным.
Курильщик с трудом приживается в группе, где все, кроме Чёрного, кажется ему странными. Табаки дарит ему «пропуск» в изолятор — Клетку, где Курильщик находит детские фотографии состайников и фото умершего во сне Волка. Он сближается с Чёрным, и тот рассказывает ему о Доме и о недавно уволившемся воспитателе Ральфе. Курильщик видит странные сны, но всё ещё считает необычные правила Серого Дома игрой.
Вскоре главарь группы Псов Помпей начинает претендовать на место Слепого, который считается главой Дома. Между вожаками, по правилам Дома, происходит бой, и Слепой убивает Помпея. Курильщик в ужасе, он считает, что серодомцы воспринимают свою игру слишком серьёзно. К его возмущению, интернатцы покрывают убийцу, а само убийство воспринимают как нормальное явление и преступлением не считают.
Повествование перемежается Интермедиями, в которых рассказывается о прошлом сироты Слепого и родившегося без рук Кузнечика, которых опекал воспитатель Лось, «ловец детских душ». Домом фактически управляют старшеклассники. Один из них, мудрец и колдун Седой, защищает друзей, ставших жертвами местных хулиганов под предводительством Спортсмена, дарит Кузнечику амулет, дающий силу, и учит им пользоваться.
Кузнечика кладут на протезирование в интернатскую больницу — Могильник, самое страшное место в Доме, насквозь пропитанное болезнью и страданиями. Там Кузнечик знакомится с трудным подростком Волком, Рыжей и лежачим инвалидом Смертью. От них Кузнечик узнаёт, что существует «изнанка Дома», параллельная реальность. Тех, кто может попасть туда по собственной воле и вернуться, называют Ходоками, а тех, кто попадает на изнанку произвольно, — Прыгунами. Время на изнанке течёт не так, как в реальности.
Один из четвёртой группы, колясочник Лорд, — прыгун. Под воздействием наркотиков он «прыгает» на изнанку Дома, впадает в ступор и попадает в Могильник. Сам же Слепой — Ходок, он воспринимает изнанку как лес и превращается там в оборотня.
Вернувшись в Дом, Кузнечик, Волк и Слепой собирают в стаю всех обиженных и отверженных. К ним присоединяется Табаки, самый вредный колясочник Дома, а затем и Спортсмен.
Книга 2. Шакалиный восьмидневник
В Дом возвращается воспитатель Ральф. За пятнадцать лет отсутствия он понял, что интернатцы бояться «наружности» — жизни вне интерната. Ральф, который вернулся почти против своей воли, словно Дом призвал его, хочет избавить серодомцев от боязни выпуска, чего не смог сделать Лось. Со Слепым он обсуждает последние события в Доме — убийство Помпея, внезапную смерть Волка и болезнь Лорда, которого увезли в психбольницу. Слепой просит Ральфа попытаться вернуть Лорда в Дом.
В Доме вводится новый закон — теперь парням разрешено общаться с девушками. Табаки верит, что недавно появившийся в четвёртой группе Македонский может вернуть его друга Лорда.
От Македонского, мальчика с экстрасенсорными способностями, которые его родной дед-сектант хотел использовать в религиозных целях, отказались родители, испугавшиеся его дара. Это он убил Волка, который заставлял его выгнать друга и состайника Сфинкса из Дома, чтобы самому занять его место. После убийства Македонский решается на суицид и попадает в Могильник, из которого его вытаскивает Слепой.
Ральф вызволяет Лорда из психбольницы. К зиме между мальчиками и девочками Дома устанавливаются дружеские отношения. Лорд влюбляется в Рыжую, а Русалка пытается приворожить Сфинкса.
Во время Самой длинной ночи происходят чудеса, Курильщик впервые пробует наркотик, а Ральф обнаруживает, что время в Доме остановилось и эта ночь действительно самая длинная.
В Интермедиях рассказывается, как Кузнечик с помощью Седого обрёл силу и впервые даёт отпор противникам. Слепой по ночам охраняет Лося и читает сны спящих. Вожак Дома Седой уходит, на его место метят Слепой и Волк.
Книга 3. Пустые гнёзда
Проходит полгода, приближается выпуск и в Доме становится тревожно. Многие ещё помнят ужасы предыдущего выпуска, когда большая часть старшеклассников покончила с собой. Тогда, увидев лужи крови, Кузнечик впервые попал на изнанку Дома, где для него прошло семь лет. В реальном мире он несколько месяцев пролежал в коме, очнулся совершенно лысым и вскоре сменил прозвище — стал Сфинксом. Тогда же погиб воспитатель Лось и многие интернатцы тоже сменили клички.
Сфинксу не нравится на изнанке. Он убеждён, что Дом сам выбирает, кому быть Прыгуном. Он рассказывает Русалке, что во время Самой длинной ночи между Чёрным и Слепым произошёл бой за место вожака Дома. Слепой победил, использовав свой дар, а Чёрный стал вожаком Псов. Слепой с облегчением отпустил состайника, которого когда-то называли Спортсменом, он не забыл, как тот избивал его в детстве и до сих пор его недолюбливал.
На общем собрании директор Дома Акула сообщает, что большинство выпускников не допущено к экзаменам из-за плохой успеваемости. Многие воспитатели хотят перенести день выпуска, чтобы выпускники не успели нахулиганить, и заранее удалить из Дома самых опасных.
Считая это жестокостью, Ральф спускается в подвал, чтобы порыться в архивах, и выясняет, что сторож Дома Старик — бывший директор, уволенный за беспорядки перед тем кровавым выпуском. Старик рассказывает воспитателю много интересного, хотя Ральф уже и сам начал догадываться, что Дом — особое место. Построивший его человек основал фонд, чтобы поддерживать Дом в хорошем состоянии. Он завещал ему всё своё состояние при условии, что в доме будут жить только дети-инвалиды. Почти за сто лет дом пропитался энергией детских душ и стал создавать собственную реальность.
Ральф — единственный из воспитателей, понимающий, что Дом меняет живущих в нём детей, делает их частью себя. Он относится к своим воспитанникам не как к несчастным детям-инвалидам, а как к незнакомым и опасным существам, почти нелюдям. Воспитатель привлекает на свою сторону Курильщика, и тот начинает вести дневник, где записывает всё происходящее в Доме, чтобы потом дать прочесть Ральфу. Вскоре до дневника добираются состайники и начинают делать в нём записи.
Курильщик замечает, что Слепой покрывается сыпью. Это Болезнь Потерявшихся — так Дом отмечает тех, кому в Наружности делать нечего. За забором Дома появляется лагерь сектантов. Македонский облачается в белые одежды и замыкается в себе. Табаки признаётся Курильщику, что может попадать в параллельные жизни и проживать их много раз, поэтому не взрослеет и многое знает.
Лорд догадывается, что Табаки — могущественный Хозяин Времени, вечный ребёнок, вечный старик. Он просит вернуть его в другое, более счастливое прошлое. Табаки соглашается и дарит состайнику особый подарок — шестерёнку от часов.
Слепой просит Прыгуна Горбача в ночь перед выпуском увести на изнанку всех умственно отсталых, которым не место в Наружности. Он предлагает Сфинксу уйти вместе с ним навсегда в параллельный мир, где он станет совершено здоровым и получит руки, но тот отказывается — он хочет прожить свою жизнь среди людей с любимой Русалкой. Друзьям предстоит расстаться навеки.
Наступает Ночь сказок, последняя перед выпуском. Четвёртая группа принимает гостей, и Чёрный рассказывает об угнанном им автобусе, на котором все желающие могут тайно покинуть Дом, не проходя через выпуск. Остальные ребята рассказывают истории о себе, больше похожие на сказки. Сектанты сообщают, что нашли Ангела, исцеляющего болезни. Ребята понимают, что это Македонский.
Чёрный увозит многих ребят на автобусе, Горбач уводит на изнанку умственно отсталых и остаётся их сторожем, остальные впадают в состояние, похожее на летаргию. В четвёртой группе остаются только Курильщик и Сфинкс. После торопливого выпуска Дом сносят.
Эпилог
В эпилоге рассказывается о дальнейшей судьбе основных героев. Слепой и Табаки бесследно исчезают — их Дом изменил сильнее всех, они умеют уходить на изнанку не только ментально, но и физически. Умственно отсталые пребывают на изнанке ментально, а их теля спят в реальном мире. О «спящих» много пишут в прессе, никто не понимает сути этого явления.
Чёрный со своей «стаей» колесит на автобусе по стране, подбирает беспризорных детей и находит для них семьи. Курильщик, так и не поддавшийся влиянию Дома, становится художником, в его странных картинах — отголоски навеянных Домом снов.
Что на самом деле означают картины Курильщика, понимает только Сфинкс, ставший детским психологом. После выпуска он долго искал Русалку, пока не понял, что её не существует. Возлюбленную Сфинкса создал Дом, чтобы удержать его в себе. Осознав это, Сфинкс идёт к руинам Дома, чтобы попрощаться, ведь когда-то он покинул его, не оглядываясь. Сжалившись над ним, Дом возвращает ему Русалку.