Злодейка Баба-яга никого не любит, со всеми ссорится, превращает людей и животных, заставляет всех работать на себя. Она заколдовывает сыновей Василисы-работницы — Егора и Фёдора. Оба сбежали из дома, чтобы стать богатырями, а мать оставила хозяйство на младшего сына, Иванушку, и пошла их искать. Останавливается она передохнуть под двумя клёнами и рассказывает о своём горе цепному медведю Бабы-яги. Вскоре сама злодейка приезжает в избушке на курьих ножках и говорит, что спрятала мальчиков так, что их не найти. Чтобы спасти сыновей, Василиса должна работать на Бабу-ягу, пока та её не похвалит.
Медведь советует Василисе: «Не нанимайся! От неё доброго слова не дождёшься. Она только себя и хвалит». Но ради сыновей Василиса готова служить Бабе-яге. Она понимает, что Бабу-ягу надо перехитрить. В этом ей помогают кот Котофей Иванович, медведь и пёс Шарик, с которыми она всегда ласкова. Баба-яга задала Василисе непосильную работу: избушку прибрать, зерно разделить и перемолоть, триста кладов забытых выкопать. Василиса поёт добрую песенку курьим ножкам, и они ей тоже помогают: везут её с Медведем рубить лес, чтобы построить мельницу. А Котофей собирает со всего леса мышей, чтобы они отделили рожь от пшеницы. Со всеми заданиями друзья быстро управились.
Тем временем Иванушка разыскивает мать и готовит для неё обед - тайно, чтобы она не огорчилась, что он тоже из дома ушёл. После обеда Василиса уходит мыть избушку, а Иванушка борется с Бабой-ягой, которая решила: "Украду у самой себя мешок золота, да и взыщу с неё потом!" Чародейка позволяет мальчику одержать верх, но потом возвращается и хватает его. Василиса спасает сына. Баба-яга отказывается хвалить её, "служанку, которая на хозяйку руку подняла". Даёт Василисе другое задание: найти сыновей, пока солнце не скроется.
Василиса-работница догадывается, что её сыновья превратились в клёны. Баба-яга до конца остаётся вредной: «Неужели мне, жабе зелёненькой, придётся собственную свою служанку хвалить? Да ни за что! Мне, гадючке, это вредно». И исчезает на всю ночь. Друзья сторожат братьев-клёнов, и не напрасно: Баба-яга собирается срубить Егорушку и Федора, но Иванушка и Котофей Иванович успевают помешать ей.
Яга требует изготовить ей замок на дверь избушки - и оказывается надёжно запертой. Всё же она не хочет хвалить Василису, но вызволить её некому: с Людоедом она из-за двух копеек поссорилась, ведьму, свою родственницу, из леса прогнала. Приходится Бабе рассказать, как добраться до источника живой воды, но только до него ходу - не менее году. "Год туда, год обратно, может, всё по-моему обернётся!"
Медведь открывает, что в избушке, в сундучке, спрятан кувшин с живой водой. Пока Шарик отвлекает Бабу-ягу, называя её ангелом и другими "обидными" прозвищами, Котофей по трубе пробирается в избушку и похищает кувшин. Василиса опрыскивает клёны, и они снова становятся мальчиками.
Мать и сыновья возвращаются домой. Кот и пёс идут к ним жить, а Бабу-ягу будут судить.