Шестиклассники Биологической станции выбирают себе дипломные задания на лето. Алиса Селезнёва собирается посетить подводное кладбище затонувших японских кораблей, потопленных американскими ВМС в начале 1944 года у атолла Моруту, и за сто пятьдесят с лишним лет превратившихся в рукотворные рифы. Пашка Гераскин, ведомый романтическими мечтами о затонувших вместе с кораблями сокровищах, вызывается составить ей компанию.
Юные биологи прибывают на подводную ферму на острове Яп в Тихом океане. Там они встречают профессора Арана Сингха, который рассказывает им о цепочке таинственных происшествий в окрестностях фермы: кто-то пожирает осьминогов, кашалотов и прочую живность. Дав честное слово ни при каких обстоятельствах не покидать батискат, Алиса и Пашка направляются к атоллу Моруту.
По прибытию в лагуну атолла, Пашка нарушает запрет Сингха и купается в море, где его кусает неизвестная маленькая рыбка. Бортовой компьютер батиската идентифицирует этот вид как неизвестную, причем недавнюю мутацию. На следующий день биологи погружаются в батискате в лагуну атолла и начинают исследовать затонувшие суда. Вскоре очередь доходит и до транспорта «Ямагири-Мару». Ведомые любопытством они заплывают внутрь корпуса корабля, случайно задевают манипулятором батиската обветшавшую подпорку, и их заваливает многотонная масса покрытого кораллами судна.
Ребятам удается высвободить батискат, но застрявший манипулятор не дает им выплыть. Пашка предлагает выйти наружу в скафандре и горелкой перерезать манипулятор. Обученная подводному делу Алиса берет это на себя, но уже в переходной камере её чуть не съедают рыбы. Выйти из батиската оказывается невозможно, к тому же под грудой металла отказала связь.
Попавшие в ловушку биологи наблюдают, как из ржавого танка выплывает косяк рыб-убийц, окружающий гигантскую королеву.
С помощью уцелевшего манипулятора Алиса и Пашка обнаруживают цистерну с мазутом, разрушают её и заполняют трюм. Скрытый в мазуте, Пашка выходит из батиската и отрезает горелкой застрявший манипулятор. С трудом ребята выводят батискат из трюма «Ямагири-Мару», бросаются в погоню за косяком рыбок и захватывают сетью их королеву. Аран Сингх благодарит юных биологов за то, что раскрыли тайну гибели животных на ферме. Согласно научным данным, рыбы, обитавшие в Марианской впадине, мутировали, потому что в прошлом туда сбрасывали контейнеры с радиоактивными отходами. Людям удаётся обезвредить другие стаи убийц.
Починив батискат, ребята направляются к атоллу Трук.