Повествование идёт попеременно от имени двух героев: Якуба и безымянной героини.
1
Середина 90-х годов 20 века. Якуб, случайно оказавшийся на вокзале в Германии, сам того не зная спасает от самоубийства случайного бомжа. Якуб — немецкий учёный, программист-генетик, профессор, поляк, читает лекции по всему миру. Очень одинок.
Героиня — польский инженер, замужем, но любовь давно ушла из её семейной жизни. Она скучает, не прочь завести лёгкий роман. Случайно ещё незнакомые герои оказываются в одном немецком отеле и не замечают друг друга.
Потом герои едут в одном поезде в Польшу и наблюдают друг за другом, но не знакомятся. Якубу присылает e-mail бывшая любовница Дженнифер, нашедшая его через много лет и признавшаяся в своей страстной любви и в своей тоске по нему. Герой тронут признанием через много лет.
2
На компьютере Якуба установлена модная программа ICQ, позволяющая общаться с собеседником в режиме реального времени. Во время работы ему приходит грустное письмо от незнакомки с предложением пообщаться.
Героиня ищет информацию о новом знакомом в интернете и узнаёт, что тот известный учёный, исследователь проблем генетики. Она читает сведения о нём и очаровывается его личностью. Оказывается, он любит искусство, литературу и его жизнь печальна, как и её. Как-то сразу они становятся душевно близки и откровенны. Между ними завязывается искренний диалог.
«Уже с первого дня разговоры с ним были подобны переживаниям, которые не забываются. Объяснений она бы привести не смогла, но не считала, что происходящее между ними развивается слишком быстро. Вчера в эту пору она его ещё не знала. А сегодня через минуту ответит ему, на каком боку она засыпает. И если бы он спросил её, спит ли она голая, она без колебаний ответила бы: да, голая. <…> Может, это просто он так действует на неё, заставляя быть такой откровенной? А возможно, ей хочется наконец рассказать кому-то о себе и быть уверенной, что этот кто-то хочет выслушать её и у него есть на это время?»
Общение происходит ежедневно с понедельника по пятницу, пока оба на работе, и становится важным для них. «Каждый разговор, каждая встреча с нею в Интернете воссоздавали настроение свидания. Они были по-своему торжественны, он ждал их, и никогда не было известно, как они кончатся. Кроме того, фраза „Якуб, я скучала по тебе“, которой она каждое утро приветствовала его, всякий раз его трогала».
Он начинает скучать без каждодневного общения и мечтать о настоящей встрече с ней. «…Внезапно в его кабинете становилось так пусто. И в нём поднималось чувство, являющееся смешением горечи, обиды на неё, разочарования и одиночества. Всего сразу. <…> Выбора у него не было. Она не принадлежала ему. …Когда она… возвращалась в свой реальный мир, …в Варшаве, он залпом выпивал бокал вина и тотчас же наливал следующий».
Она просит его рассказать про модный геном. Якуб поэтически описывает процесс расшифровки генома, в котором ему приходилось участвовать.
«Когда он закончил писать, она продолжала неподвижно сидеть в кресле и думала, что совершенно случайно повстречала необыкновенного человека. И что ей хочется, чтобы он был всегда. Рядом с ним, как ни с кем другим на свете, она чувствовала себя по-настоящему избранной и единственной».
3
После того как героиня признала его частью своего мира, Якуб рассказывает о своей единственной, самой большой любви, случившейся в юности. Учась в двух вузах одновременно, он случайно познакомился с глухонемой девушкой Натальей и влюбился с первого взгляда. Наталья — дочь разведённых родителей, у неё любящая и заботливая мать. Ради неё он выучил язык жестов, а она читала те же научные книги, что и он.
На научном симпозиуме он познакомился с хирургом из Львова, который возвращал глухим слух. Якуб договорился об операции Наталье. Во Львове, когда девушка ожидала операцию, она трагически погибла. Её родители заболели от горя, Якуб в стрессовом состоянии совершил преступление, и его выгнали из обоих вузов.
Находясь в сильной депрессии, Якуб начал спиваться, и отец поместил его в психиатрическую больницу. Там он услышал историю ксендза, которого церковь и спецслужбы довели до безумия из-за любви к монашке. Тогда Якуб выздоровел и постарался жить дальше.
С помощью отца Натальи, чиновника, его восстановили в вузе, и он с энтузиазмом занялся наукой. Приходя на могилу Натальи, он рассказывал о своих успехах, зная, что она гордилась бы им. Все свои научные достижения с тех пор он посвящал ей.
Героиня ожидает письма от Якуба и понимает, что начинает влюбляться в него, но страшно этого боится. Она читает письмо о Наталье и потрясена испытаниями, перенесёнными Якубом. Он вспоминает, как после гибели Натальи долго не мог быть с женщиной. И только та, впоследствии брошенная любовница Дженнифер, вернула его к полноценной жизни.
Виртуальные собеседники обмениваются подарками по почте. Якуб присылает макет модели ДНК и просит её считать это талисманом их отношений. Оба понимают, что начинают влюбляться.
4
Героиня всерьёз интересуется Интернетом, соединившим её с Якубом, испытывает его новые возможности, к которым ранее была равнодушна. С интересом читает его мнения по различным научным вопросам: «…Она… разделяла его восторги достижениями разума. А кроме того, не стыдилась своего невежества…».
Она духовно отдаляется от мужа, оставляя неизменным лишь сексуальный аспект. Теперь она желает Якуба, которого находит весьма сексуальным. Он ревнует её к мужу, о котором она никогда не упоминает в письмах.
Якуб пишет ей, что хотел бы её видеть и просит прислать фото, чтобы она всегда была с ним хотя бы в таком формате. Она тщательно выбирает фото, на котором сфотографирована с мужем, и отсылает ему.
5
Программист и бывший хакер Яцек живёт и работает в Гамбурге. Он однокашник Якуба, который всегда удивлял его своим умом и упорством. В юности Якуб был беззащитным и слабым, презираемым одноклассниками. Но вследствие внутренней работы над собой он преодолел эти недостатки и сравнялся с товарищами. В колледже он прославился любовью к поэзии и непрестанным расширением интеллекта.
После Якуб стал учиться дальше и с Яцеком не виделся много лет, пока у того не заболела раком восьмилетняя дочь. В отчаянии, испробовав все средства лечения в Польше, безутешный отец обратился к Якубу, который тогда учился в США. Тот обещал помочь, но Яцек не поверил и безудержно пил. Якуб организовал операцию девочке, изыскав финансирование и обо всём договорившись. После перенесённого потрясения семья Яцека уехала в Германию. С тех пор они с Якубом редко видятся и созваниваются.
После получения её фото с мужем, томимый ревностью, Якуб пишет Еве, но недовольный написанным, звонит Яцеку и просит удалить с сервера его e-mail. Проведя всю ночь на работе, Яцек выполняет просьбу друга. Не удержавшись от любопытства, он прочитывает чужое письмо. Это оказался «самый прекрасный из всех, что ему доводилось читать, текст о любви, тоске, потерянности, ревности, неверности и каре за неё». «Какой же необыкновенной, неповторимой должна быть та женщина, если Якуб написал ей такой текст», — с завистью осознаёт Яцек.
Якуб вспоминает годы стажировки в США после гибели Натальи, когда он усиленно занимался наукой, разработкой карты генома, и зарабатывал себе имя в академических кругах. Ему было нелегко, к бедному поляку окружающие относились со скрытой насмешкой, но он всё преодолел, как когда-то в юности. Он дружил с наркоманами: Джимом, наркодиллером, у которого впервые попробовал кокаин, и с его девушкой Ким. Они-то и помогли тогда собрать денег и организовать операцию больной девочке, когда раздался звонок отчаявшегося Яцека…
Уже много дней героиня раньше всех приходит на работу, чтобы проверить электронную почту. Впервые не обнаружив письма от Якуба, обеспокоенная, она звонит ему в офис. Впервые они разговаривают. Потом женщина идёт в компьютерный клуб и устраивает сеанс виртуального секса с Якубом.
6
Находясь на симпозиуме в США, Якуб узнаёт, что для встречи с ним она едет в Париж. Перед вылетом он пытается разыскать Джима — друга студенческой молодости, и узнаёт, что того убили из-за наркотиков несколько лет назад. Якуб вспоминает печальную историю рождения Джима нелегальной эмигранткой от американца-чиновника.
В июле 1996 года героиня едет в Париж с подругами Алицией и Асей. Алиция — одинокая женщина, желающая найти любовь и мужа. Ася — интеллектуалка с тонкой душевной организацией, несчастлива в браке. Женщина вспоминает свои поездки за границу и приключения в студенчестве, о которых она рассказывала Якубу. Заснув в дороге, она повторяет его имя.
На кладбище у могилы Джима Якуб вспоминает своего друга, которому он многим обязан, главное — прекрасной дружбой. Обстоятельства смерти и погребения Джима экзотичны, как и вся его жизнь.
Героиня с подругами заселяется в парижскую гостиницу, она полна надежд и уже получила от Якуба многообещающий e-mail. Оба сильно волнуются перед долгожданной встречей, опасаясь обмануться в своих ожиданиях. Не в силах сдержать откровенные желания, героиня мастурбирует в номере.
7
Перед самой встречей с возлюбленной Якуб вспоминает свою английскую любовницу Дженифер, которую он не любил, но был благодарен ей за то, что она вылечила его от тоски по Наталье. Девушка была увлечена различными формами и философией секса и познакомила с ними героя, а также приобщила к хорошей классической музыке. При прощании Дженнифер призналась в любви Якубу.
После посещения нескольких парижских музеев под сильным впечатлением от искусства героиня пишет Якуюу электронное любовное письмо.
8
Якуб вылетает в Париж, прослушав до этого потрясающую историю про спасение во имя любви и для науки мозга Эйнштейна. Он опаздывает на свой самолёт и вылетает следующим рейсом. В полёте он вспоминает её письмо: «Ты не представляешь, как много ты значишь для меня. Я многим обязана тебе, и не только своими чувствами. Благодаря тебе я стала наполненней, лучше, чувствую себя исключительной и незаурядной. Может, чуточку менее умной (всё так относительно), но уж совершенно бесспорно чудесным образом отличенной».
Герой посылает e-mail героине в гостиницу и сообщает о своём прилёте следующим рейсом, так как она намерена его встретить.
9
В самолёте Якуб узнаёт, что самолёт, на который он опоздал, разбился, и все пассажиры погибли. В это же время героиня выезжает из гостиницы встречать его, и портье не успевает предупредить её, что Якуб сменил рейс. В аэропорту она узнаёт об авиакатастрофе и убитая горем сидит в зале ожидания. Портье едет за ней в аэропорт и сообщает, что её друг жив. Героиня и Якуб наконец-то встречаются. При встрече она целует его руки.
Влюблённые ужинают и проводят ночь любви. Всё происходит в полном соответствии с их ожиданиями.
10
Через некоторое время женщина понимает, что беременна. Она сомневается в отцовстве будущего ребёнка. Её муж против детей, но она решает сохранить беременность. После семейного скандала муж признается ей в любви и в том, что он будет рад ребёнку. Она решает оставить всё, как есть.
Героиня какое-то время не пишет Якубу, не зная, как сообщить ему новость и прекратить столь дорогую переписку. Якуб беспокоится по поводу отсутствия писем от неё, он полон тревожных предчувствий.
Женщина оставляет работу, чтобы сохранить беременность; она пишет последнее письмо Якубу, где прощается с ним и просит простить её. Она выбрасывает все его подарки, включая модель ДНК.
Прочитав её прощальное письмо, движимый эмоциональным порывом, Якуб летит в Варшаву встретиться с ней. Он мельком видит, как она выходит с работы и садится в ожидающий её автомобиль. Героиня также мельком видит его, но решает, что ошиблась.
Перед самыми родами, лёжа в клинике на сохранении, женщина просит подругу Асю пойти к ней на работу и посмотреть электронную почту: не прислал ли Якуб письма. Ася прочитывает более 150 писем от него: Якуб писал любимой каждый день, обо всём, как раньше. Он простил её, но не смог забыть. Герой просит Бога вернуть ему возлюбленную.
Героиня рожает мальчика и называет его Якубом.