Из тюрьмы Азкабан сбежал заключенный за пособничество Волан-де-Морту Сириус Блэк. Все боятся, что он убьёт Гарри. Появляются дементоры, стражи Азкабана. Они — вампиры, вытягивающие все хорошие чувства из человека. От их присутствия всем становится плохо. Теперь они охраняют Хогвартс. От дементоров спасает заклинание Патронуса. Новый профессор защиты от тёмных искусств, Римус Люпин, обучает ему Гарри. Патронус Гарри принимает форму оленя.
Тем временем, Хагрид становится профессором по уходу за магическими существами и демонстрирует на занятии детям гиппогрифа по имени Клювокрыл. Тот царапает одного из учеников и за это приговаривается к казни.
Ребята узнают, что Люпин на самом деле оборотень, а крыса Рона — волшебник-анимаг, также, как и Блэк, который умеет превращаться в большую чёрную собаку.
Выясняется: Блэк на самом деле крёстный Гарри, а местонахождение его родителей Волан-де-Морту сдал Петтигрю, считавшийся мёртвым. Он всё это время прожил у Рона, будучи его крысой. Петтигрю поймали, но у него получилось сбежать и подставить Сириуса, которого снова арестовали. На помощь пришла Гермиона. У неё есть маховик времени. Гарри и Гермиона отматывают время назад, спасают гиппогрифа, на нём летят в башню и вызволяют Блэка. И Блэк, и Клювокрыл спасены. Гриффиндор по итогам года победил в межфакультетском соревновании.