Действие происходит в Москве 1930-х годов. Роман состоит из трёх параллельных сюжетных линий, которые сходятся в последней главе.
Часть 1
Кратко Подробно
Жарким летним днём в Москве появился иностранец, называющий себя профессором-консультантом и специалистом по чёрной магии. Сопровождала его свита из трёх очень странных личностей, одной из которых был огромный, чёрный, говорящий кот.
Иностранец, оказавшийся сатаной Воландом, начал с того, что подстроил гибель видного литературного деятеля и поселился в его квартире, о которой немедленно пошла дурная слава.
Личности из свиты Воланда, склонные к жестоким шуткам, развели в Москве бурную деятельность и свели с ума несколько людей.
Одним из несчастных, угодивших в клинику для умалишённых, был поэт, писавший атеистическую поэму о Христе. В клинике он встретился с мастером, который написал книгу о Понтии Пилате, подвергся нападкам критиков и травле и из-за этого сошёл с ума.
Возлюбленная мастера, красавица Маргарита, хотела лечить и оберегать любимого, но мастер не мог принять такой жертвы.
Он покинул свою квартирку, долго бродяжничал и, наконец, попал в клинику. Пробыв в ней четыре месяца, мастер смирился и поверил, что Маргарита забыла его.
Главы о Воланде и мастере с Маргаритой перемежаются главами из романа мастера. В нём рассказывается о прокураторе Иудеи Понтии Пилате, который из-за предательского доноса не смог предотвратить казнь Иешуа Га-Ноцри.
Часть 2
Кратко Подробно
Воланд прибыл в Москву, чтобы устроить ежегодный весенний бал. По традиции, королевой бала становилась самая красивая в городе женщина по имени Маргарита. В этом году Воланд предложил эту почётную роль возлюбленной мастера.
После исчезновения любимого, Маргарите пришлось вернуться к мужу, но она не забыла мастера и приняла предложение сатаны, надеясь, что тот ей поможет. Намазавшись волшебным кремом, Маргарита стала ведьмой и полетела на бал верхом на половой щётке.
Обязанности хозяйки бала оказались тяжкой ношей, но Маргарита справилась.
Бал упал на неё сразу в виде света, вместе с ним — звука и запаха. Шаблон:/цитата
После бала она потребовала вернуть ей мастера и их прежнюю жизнь. Воланд исполнил её желание.
Сатане пришло время покинуть Москву. На Воробьёвых горах он встретился с посланцем Иешуа, который передал сатане просьбу — подарить мастеру и Маргарите вечный покой, поскольку рая они были недостойны, а ада не заслуживали. Влюблённые умерли в этом мире и вместе с Воландом и его свитой покинули Москву.
Ночь густела, летела рядом, хватала скачущих за плащи и, содрав их с плеч, разоблачала обманы. Шаблон:/цитата
Параллельно заканчивается роман о Понтии Пилате. После казни Иешуа прокуратор отомстил, приказав убить подлого доносчика, но это не смягчило наказания, уготованного Понтию Пилату. Сотни лет он провёл на месте казни, дожидаясь прощения и встречи с Иешуа.
Воланд явился на место казни и отпустил Понтия Пилата — тот, наконец, встретился с Иешуа. Затем сатана попрощался с влюблёнными. Мастер и Маргарита навечно поселились в последнем приюте — уютном, тихом доме.
В эпилоге рассказывается о судьбах остальных героев романа.