Подросток просыпается в подземном лифте. Он ничего не помнит. Из лифта он попадает в место под названием Поляна, где его встречает группа сверстников. Поляна окружена высокими каменными стенами. Живущие там подростки сформировали общество, где у каждого свои обязанности. Их лидер Алби объясняет Томасу, что попавшие сюда вспоминают свои имена, но не своё прошлое.
Парень узнаёт, что Поляну окружает огромный лабиринт, в глубине которого есть выход. В течение дня назначенные Алби бегуны обыскивают лабиринт и возвращаются до наступления темноты, поскольку на ночь огромные ворота, отделяющий лабиринт от Поляны, автоматически запираются. Ночь в лабиринте ещё никто не пережил.
Соревнуясь с парнем по имени Галли, подросток вспоминает своё имя — Томас. На следующий день на Томаса нападает Бен-бегун, которого ужалил гривер — ядовитое существо, обитающее в лабиринте. Бена относят в лабиринт, так как для него нет лечения.
Вечером из лабиринта пытается вырваться Минхо, волоча Алби, которого тоже ужалил гривер. Они не в состоянии добраться до выхода. Тогда Томас бежит в лабиринт, заманивает гривера в ловушку, и зверь погибает. Трио переживает ночь и утром возвращается на Поляну.
Утром в лифте находят девушку с запиской о том, что она последняя. Её зовут Тереза. Она узнаёт Томаса. хотя он не может вспомнить её. Томас вместе с группой входят в лабиринт. Они находят труп гривера и извлекают из него механическое звуковое устройство. По мнению Галли, Томас поставил под угрозу хрупкий мир. Он хочет, чтобы его наказали. но второй командир группы назначает Томаса бегуном.
Минхо показывает Томасу модель лабиринта. Его пронумерованные участки открываются и закрываются в регулярной последовательности. Томас понимает, что номер на извлечённом из гривера звуковом устройстве соответствует номеру секции в лабиринте.
У Терезы есть два шприца с неизвестным веществом. Один вкалывают Алби, и он вылечивается от укуса. Минхо и Томас отправляются в лабиринт и обнаруживают возможный выход. Затем активируется лазер, и выход закрывается. Томасу и Минхо приходится бежать, так как ловушки, активированные лазерами, чуть не убивают их. На ночь вход в лабиринт не закрывается, и гриверы начинают охоту на людей.
Начинается резня. Гриверы не знают пощады. После резни Галли винит Томаса за всё, что произошло. Томас протыкает себя жалом гривера, чтобы вспомнить, кто он. Остальные вводят ему антидот. Томас вспоминает, что он и Тереза работали на организацию, где проводили опыты на людях.
Тем временем Галли берёт на себя командование и намеревается пожертвовать Томасом и Терезой, чтобы восстановить мир. Однако остальные подростки восстают, и Томаса с Терезой освобождают. Затем группа идёт в лабиринт, на Поляне остаётся только Галли и его сторонники.
Группа находит выход из лабиринта и приходят в лабораторию, где находят видеозапись доктор Авы Пейдж. В ней рассказывается, что планета была опустошена смертельным вирусом. Ребята узнают, что они были частью опыта по изучению лекарства, но занимавшиеся им учёные тоже погибли.
Вдруг появляется Галли с пистолетом. Уже ужаленный гривером, он направляет пистолет на Томаса, но погибает от копья Минхо. Затем в лабораторию прибегают люди в масках и забирают группу в вертолёт. Он пролетает над обширной пустыней и приближается к городу.
Якобы погибшие учёные собираются в комнате, и Пейдж отмечает, что опыт увенчался успехом.