Книга 1. Курильщик
Дом инвалидов, стоящий на окраине города, местные жители не любят, называют Серым Домом и считают странным. Дети в Доме делятся на группы, у каждой из которых есть вожак. Одного из новичков, инвалида-колясочника Курильщика, изгоняют из образцовой группы ябед и лицемеров Фазанов за независимость и привычку курить. Незнакомого ни с правилами, ни с историей дома, Курильщика переводят в четвёртую группы, возглавляемую Слепым. Ребят из неё все боятся, уважают и считают «беспредельщиками». Курильщик знакомится с колясочниками Табаки, Лордом и спортсменом Чёрным.
Курильщик постепенно становится полноправным членом группы. Он попадает в изолятор — Клетку, где видит детские фотографии состайников и фото странно умершего Волка. Он сближается с Чёрным, и тот рассказывает о Доме и о недавно уволившемся воспитателе Ральфе. Курильщик видит странные сны, но до сих пор считает суровые правила дома игрой.
Вскоре главарь группы Псов Помпей начинает претендовать на место Слепого. Между вожаками, по правилам Дома, происходит бой, и Слепой убивает Помпея. Курильщик с ужасом понимает, что всё происходящее не игра, а интернатцы покрывают убийцу.
Повествование перемежается Интермедиями, в которых рассказывается о прошлом сироты Слепого и безрукого Кузнечика, которых вырастил воспитатель Лось. Домом фактически управляют старшеклассники. Один из них, мудрец и колдун Седой, защищает друзей, ставших жертвами местных хулиганов, и дарит Кузнечику амулет, дающий силу.
В интернатской больнице — Могильнике — Кузнечик знакомится с трудным подростком Волком, Рыжей и лежачим инвалидом Смертью. От них Кузнечик узнаёт, что существует «изнанка Дома», параллельная реальность. Тех, кто может попасть туда по собственной воле и вернуться, называют Ходоками, а тех, кто попадает на изнанку произвольно и не может сам вернуться, — Прыгунами.
Один и четвёртой группы, колясочник Лорд, — прыгун. Поз воздействием наркотиков он «прыгает» на изнанку Дома, впадает в ступор и попадает в Могильник. Сам же Слепой — Ходок, гуляет ночами по изнанке в виде оборотня.
Вернувшись в Дом, Кузнечик, Волк и Слепой собирают в стаю всех обиженных и отверженных.
Книга 2. Шакалиный восьмидневник
В Дом возвращается воспитатель Ральф. За пятнадцать лет отсутствия он понял, что интернатовцы бояться жизни вне дома, Наружности. Ральф вернулся перед выпуском, чтобы избавить выпускников от этого страха, чего не смог сделать Лось. Со Слепым он обсуждает последние события в Доме — убийство Помпея, внезапную смерть Волка и болезнь Лорда, которого увезли в психбольницу.
В Доме вводится новый закон — теперь парням разрешено общаться с девушками. Табаки верит, что недавно появившийся в четвёртой группе Македонский может вернуть его друга Лорда.
От Македонского, мальчика с экстрасенсорными способностями, которые его родной дед-сектант хотел использовать в религиозных целях, отказались родители, испугавшиеся его дара. Это он убил Волка, который заставлял его причинить зло другу и состайнику Сфинксу. После убийства Македонский решается на суицид и попадает в Могильник, из которого его вытаскивает Слепой, сам имеющий похожий дар.
Из психбольницы возвращается Лорд. С зиме между мальчиками и девочками дом устанавливаются дружеские отношения. Лорд влюбляется в Рыжую, а Русалка пытается приворожить Сфинкса.
Во время Самой длинной ночи происходят чудеса, Курильщик впервые пробует наркотик, а Ральф обнаруживает, что время в Доме остановилось и эта ночь действительно самая длинная.
В Интермедиях рассказывается, как Кузнечик с помощью Седого обрёл силу и впервые даёт отпор противникам. Слепой по ночам охраняет Лося и читает сны спящих. Вожак Дома Седой уходит, на его место метят Слепой и Волк.
Книга 3. Пустые гнёзда
Проходит полгода, приближается выпуск и в Доме становится тревожно. Сфинкс, звавшийся когда-то Кузнечиком, рассказывает, что он стал прыгуном и облысел после страшной бойни, устроенной старшими перед предыдущим выпуском. Тогда же погиб воспитатель Лось, а многие интернатцы сменили клички. Сфинксу не нравится на изнанке. Он убеждён, что время там идёт быстрее, а Дом сам выбирает, кому быть Прыгуном.
Сфинкс рассказывает Русалке, что во время Самой длинной ночи между Чёрным и Слепым произошёл бой за место вожака Дома. Слепой победил, использовав свой дар, а Чёрный стал вожаком Псов.
На общем собрании директор Дома Акула сообщает, что большинство выпускников не допущено к экзаменам из-за плохой успеваемости. Многие воспитатели хотят перенести день выпуска, чтобы выпускники не успели нахулиганить, и заранее удалить из Дома самых опасных.
Считая это жестокостью, Ральф спускается в подвал, чтобы порыться в архивах, и выясняет, что сторож Дома Старик — бывший директор, уволенный за беспорядки перед выпуском. Воспитатель привлекает на свою сторону Курильщика, и тот начинает вести дневник.
Курильщик замечает, что Слепой покрывается сыпью. Это Болезнь Потерявшихся — так Дом отмечает тех, кому в Наружности делать нечего. За забором Дома появляется лагерь сектантов. Македонский облачается в белые одежды и замыкается в себе. Табаки признаётся, что может попадать в параллельные жизни, поэтому не взрослеет и многое знает. Лорд просит Табаки вернуть его в другое, более счастливое прошлое. Табаки соглашается и делает состайника могущественным Хозяином Времен.
Слепой просит Прыгуна Горбача в ночь перед выпуском увести на изнанку всех умственно отсталых, которым не место в Наружности. Он предлагает Сфинксу уйти вместе с ним навсегда в параллельный мир, но тот отказывается — он хочет прожить свою жизнь среди людей с любимой Русалкой. Друзьям предстоит расстаться навеки.
Наступает Ночь сказок, последняя перед выпуском. Четвёртая группа принимает гостей, и Чёрный рассказывает об угнанном им автобусе, на котором все желающие могут тайно покинуть Дом, не проходя через выпуск. Остальные ребята рассказывают истории о себе, больше похожие на сказки. Сектанты сообщают, что нашли Ангела, исцеляющего болезни. Ребята понимают, что это Македонский.
Чёрный увозит многих ребят на автобусе, Горбач уводит на изнанку умственно отсталых, остальные впадают в состояние, похожее на летаргию. В четвёртой группе остаются только Курильщик и Сфинкс. После торопливого выпуска Дом сносят.
В эпилоге рассказывается о дальнейшей судьбе основных героев.