Книга 1. Курильщик
Дом детей-инвалидов, стоящий на окраине города, местные жители не любят, называют Серым Домом и считают странным. У всех детей и воспитателей Дома есть клички, они делятся на группы, в которых есть вожаки. Одного из новичков, инвалида-колясочника Курильщика, изгоняют из образцовой группы ябед и лицемеров Фазанов за независимость и привычку курить. Не знакомого ни с правилами, ни с историей дома, Курильщика переводят в Четвёртую группу, возглавляемую харизматичным Слепым. Ребят из неё все боятся, уважают и считают «беспредельщиками». Постепенно Курильщик сближается с колясочниками Табаки и Лордом, спортсменом Чёрным, безруким Сфинксом, мудрым Горбачом, молчаливым Македонским, скандальным Лэри и другими.
Курильщик постепенно становится полноправным членом Четвертой. Он попадает в изолятор — Клетку, где смотрит детские фотографии состайников и фото недавно странно умершего Волка. Он сближается с Чёрным, и тот рассказывает об обычаях Дома и о недавно уволившемся воспитателе Ральфе. Курильщик видит странные сны, слышит загадочные разговоры ребят, но до сих пор считает суровые правила Дома игрой.
Повествование перемежается Интермедиями, в которых рассказывается о прошлом сироты Слепого и безрукого Кузнечика, которых вырастил воспитатель Лось. Домом фактически управляют старшеклассники, находящиеся в конфронтации: враждуют стаи Мавра и Черепа. Мудрец и колдун Седой защищает маленьких друзей, ставших жертвами ровесников-хулиганов, и дарит Кузнечику амулет, дающий силу.
В интернатской больнице, Могильнике, Кузнечик знакомится с трудным подростком Волком, самостоятельной Рыжей и лежачим инвалидом Смертью. От них Кузнечик узнаёт, что существует «изнанка Дома», параллельная реальность. Тех, кто может попасть туда по собственной воле и вернуться, называют Ходоками, а тех, кто попадает на изнанку произвольно и не может сам вернуться, — Прыгунами.
Вернувшись в Дом, маленькие Кузнечик, Волк и Слепой собирают в стаю всех обиженных и отверженных, так появляется Четвертая.
Колясочник из Четвертой Лорд — Прыгун. Под воздействием наркотиков он «прыгает» в параллельный мир, впадает в ступор и попадает в Могильник. Вожак Слепой — Ходок, рыщет ночами по "изнанке Дома" - заколдованному лесу - в виде оборотня.
Вскоре главарь группы Псов Помпей начинает претендовать на место Слепого. Между вожаками, по правилам Дома, происходит бой, и Слепой убивает Помпея. Курильщик с ужасом понимает, что всё происходящее не игра, а интернатцы покрывают убийцу.
Книга 2. Шакалиный восьмидневник
В Дом возвращается воспитатель Ральф, проработавший здесь 15 лет. За полгода отсутствия он понял, что интернатцы бояться жизни вне дома, Наружности, и готовы на все, чтобы не попасть туда. Ральф вернулся перед выпуском, чтобы избавить ребят от этого страха и предотвратить беду. 15 лет назад прежние выпускники устроили кровавую бойню, в которой погиб Лось. Со Слепым воспитатель обсуждает последние события в Доме: убийство Помпея, внезапную смерть Волка и болезнь Лорда, которого увезли в психбольницу.
Между ребятами и Черным возникает напряженность из-за Лорда, которого исключили благодаря ему.
В Доме вводится новый закон — теперь парням разрешено общаться с девушками. Табаки ночью ворожит, чтобы вернуть своего друга Лорда.
В Интермедиях рассказано о Македонском, мальчике с экстрасенсорными способностями, которые его родной дед-сектант использовал в религиозных целях. Позже от него отказались родители, испугавшиеся его дара. Это он недавно убил Волка, который заставлял его причинить зло другу и состайнику Сфинксу. После убийства Македонский решился на суицид и попал в Могильник, из которого его вытащил Слепой, сам имеющий похожий дар.
Из психбольницы возвращается Лорд. К зиме между мальчиками и девочками Дома устанавливаются дружеские отношения. Лорд влюбляется в Рыжую, Слепой в Крысу, а Русалка пытается приворожить Сфинкса.
Во время Самой длинной ночи происходят чудеса и преступление: погибает один из инвалидов, Курильщик впервые пробует наркотик, а Ральф обнаруживает, что время в Доме остановилось и эта ночь действительно самая длинная.
В Интермедиях рассказано, как Кузнечик с помощью Седого обрёл силу и впервые дал отпор противникам. Слепой по ночам охранял Лося и читал сны спящих. Предыдущие вожаки Дома готовились к кровавому выпускному, на их место метили Слепой и Волк.
Книга 3. Пустые гнёзда
Проходит полгода, приближается выпуск и в Доме становится тревожно. Сфинкс, звавшийся когда-то Кузнечиком, рассказывает, что он стал Прыгуном и облысел после страшной бойни, устроенной старшими в ночь предыдущего выпуска. Тогда же погиб воспитатель Лось, а многие интернатцы сменили клички. Сфинксу не нравится на "изнанке". Он убеждён, что время там идёт быстрее, а Дом сам выбирает, кому быть Прыгуном.
Сфинкс рассказывает Русалке, что во время Самой длинной ночи между Чёрным и Слепым произошёл бой за место вожака Дома. Слепой победил, использовав свой дар, а Чёрный стал вожаком Псов.
На общем собрании директор Дома Акула сообщает, что большинство выпускников не допущено к экзаменам из-за плохой успеваемости. Многие воспитатели хотят перенести дату выпуска, чтобы выпускники не успели нахулиганить, и заранее удалить из Дома самых опасных.
Считая это жестокостью, Ральф спускается в подвал, чтобы порыться в архивах, и выясняет, что сторож Дома Старик — бывший директор, уволенный за беспорядки перед предыдущим выпуском. Воспитатель договаривается с Курильщиком, чтобы тот вел дневник, где описывал бы происходящие события.
Курильщик замечает, что Слепой покрывается сыпью. Это Болезнь Потерявшихся — так Дом отмечает тех, кому в Наружности делать нечего. За забором Дома появляется лагерь сектантов. Македонский облачается в белые одежды и замыкается в себе. Табаки признаётся, что проживает параллельные жизни, поэтому не взрослеет и многое знает. Лорд просит Табаки вернуть его в другое, более счастливое прошлое, где он будет счастлив с Рыжей. Табаки соглашается и исполняет это, так как он могущественный Хозяин Времен.
Слепой просит Прыгуна Горбача в ночь перед выпуском увести на изнанку всех умственно отсталых, которым не место в Наружности. Он предлагает Сфинксу уйти вместе с ним навсегда в параллельный мир, но тот отказывается — он хочет прожить свою жизнь среди людей с любимой Русалкой. Друзьям предстоит расстаться навеки.
Наступает Ночь сказок, последняя перед выпуском. В Четвёртую набивается много гостей, и Чёрный рассказывает об угнанном им автобусе, на котором все желающие могут тайно покинуть Дом безо всякого выпуска. Остальные ребята рассказывают истории, похожие на сказки, о себе будущих. Сектанты сообщают, что нашли Ангела, исцеляющего болезни. Ребята понимают, что это Македонский.
Чёрный увозит многих ребят на автобусе, Горбач уводит на изнанку умственно отсталых, Слепой и Табаки исчезают, некоторые впадают в состояние, похожее на летаргию. Из Четвёртой остаются только Курильщик и Сфинкс. После торопливого выпуска Дом сносят.
В эпилоге рассказывается о дальнейшей судьбе основных героев.